上班途中发生交通事故，单位是否会扣工资，这主要取决于事故是否被认定为工伤。以下是对此问题的详细分析：
一、认定为工伤的情况
认定条件：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在上下班途中，若受到非本人主要责任的交通事故（包括城市轨道交通、客运轮渡、火车事故）伤害，应被认定为工伤。
工资发放规定：
- 在停工留薪期内，职工的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，如果事故被认定为工伤，单位不会扣发你的工资。
- 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊时，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可适当延长，但延长期限不得超过12个月。
- 工伤职工评定伤残等级后，将停发原待遇，转而享受相应的伤残待遇。
具体案例：
- 假设你在上班途中遭遇交通事故，且经交警部门认定你承担次要责任或无责任，那么你的事故应被认定为工伤。在此情况下，单位需按照停工留薪期的规定支付你工资。
二、未认定为工伤的情况
认定条件：
- 若交通事故中你本人负主要责任或全部责任，则通常不被认定为工伤。
工资处理：
- 如果你因伤需要治疗和休息而向用人单位请病假，单位可依据本单位依法制定的病假工资支付规定支付病假工资。该工资标准通常不得低于当地最低工资标准的80%，但具体比例可能因单位规定而异。
- 如果你未按规定请假而擅自缺勤，单位可按规章制度处理，此时可能不发工资。但这种情况较为特殊，且单位需确保其规章制度合法有效。
具体案例：
- 假设你在上班途中遭遇交通事故，且经交警部门认定你承担主要责任或全部责任，那么你的事故通常不被认定为工伤。在此情况下，如果你需要治疗和休息，单位可能按照病假工资支付规定支付你工资，或者如果你未请假而缺勤，单位可能不发工资。
三、特殊情况与建议
交通事故赔偿与工伤待遇的并存：
- 当你同时面临交通事故赔偿和工伤待遇时，两者并不冲突。你有权同时享受交通事故的民事赔偿和工伤保险待遇。但具体的赔偿标准和程序需遵循相关法律法规及地方规定。
单位的责任与义务：
- 不论是否认定为工伤，单位都应积极协助你处理交通事故和工伤认定的相关事宜，确保你的合法权益得到有效保障。如果单位未依法为你缴纳工伤保险费，且你符合工伤认定条件，单位需按照工伤保险待遇项目和标准支付费用。
建议：
- 如果你在上班途中遭遇交通事故，应及时报警并保留好相关证据（如交通事故认定书、医疗证明等）。
- 尽快与单位沟通，了解单位对于工伤认定和工资支付的规定和流程。
- 如有必要，向我咨询以获取更专业的法律帮助和支持。
总结来说，上班途中发生交通事故后，单位是否会扣工资主要取决于事故是否被认定为工伤。如果认定为工伤，单位需按停工留薪期的规定支付工资；如果未认定为工伤，单位则可能按照病假工资支付规定或规章制度处理工资问题。在任何情况下，你都应积极维护自己的合法权益，并寻求必要的法律帮助和支持。