公司报案后，公安机关会依法立案侦查，若证据充分，员工可能面临刑事处罚；同时公司可通过民事途径追偿损失。 具体分析如下：

1. 刑事程序角度
   根据《刑法》第271条，员工利用职务便利侵占公司财物达4100元，若该金额超过当地规定的“数额较大”标准（通常为6万元，但部分地区可能更低），则构成职务侵占罪。公安机关立案后，会展开调查取证（如调取监控、财务记录、证人证言等），若证据确凿，案件将移送检察院审查起诉，最终由法院判决。若金额未达刑事标准，则可能按《治安管理处罚法》第49条以“盗窃”或“诈骗”处以行政拘留及罚款。

2. 民事赔偿角度
   无论是否构成犯罪，公司均有权依据《民法典》第1184条要求员工返还侵占的4100元及可能产生的利息损失。若员工拒不返还，公司可向法院提起民事诉讼，胜诉后申请强制执行（如冻结银行账户、查封财产等）。

3. 公司内部处理建议

   • 完善证据链：立即固定现金缺失的证据（如财务核对记录、监控录像、员工签字确认的交接单等），避免证据灭失。
     
   • 配合调查：向公安机关提供完整线索，包括员工在职时间、职责范围、侵占手段等，协助快速侦破。
     
   • 内部追责：若员工尚未离职，可依据公司规章制度（如《员工手册》）进行纪律处分（如警告、辞退），但需注意程序合法性（如提前通知工会、允许申辩等）。
     

4. 风险提示

   • 若员工主张“借款”或“误领”，公司需举证其存在非法占有目的（如私自藏匿、拒不归还等），否则可能影响定罪。
     
   • 若员工已离职，公司需通过民事诉讼追偿，但需注意诉讼时效（3年，自知道权利受损之日起算）。
     

建议公司优先通过刑事报案震慑员工，同时同步准备民事诉讼材料，双管齐下提高追偿效率。 如有进一步证据固定或程序疑问，可随时向我咨询。