结论：款已经归还给公司，但公司仍然报案按职务侵占处理，这种情况是有可能发生的。归还侵占财物并不必然免除刑事责任，公司有权选择是否追究刑事责任，且职务侵占罪是公诉案件，一旦达到立案标准，公诉机关有权提起诉讼。不过，已归还财物在量刑时会被考量，可能作为从轻处罚的情节。
分析：
归还财物与刑事责任的关系：
- 归还侵占财物是行为人的一种补救措施，但这并不必然免除其刑事责任。司法机关在决定是否提起公诉时，会综合考虑案件的具体情况，包括侵占的数额、手段、情节以及归还的及时性和主动性等。
公司的权利：
- 公司作为被侵占方，有权选择是否追究侵占人的刑事责任。即使侵占人已经归还了财物，公司仍然可以向公安机关报案，要求追究其刑事责任。
职务侵占罪的性质：
- 职务侵占罪是公诉案件，一旦达到立案标准，公诉机关就有权力和职责提起诉讼。这意味着，即使公司不报案，如果公安机关在侦查过程中发现职务侵占的线索并达到立案标准，也可以依法提起公诉。
量刑时的考量：
- 在量刑时，法院会综合全案情况，包括是否归还、归还的及时性和主动性等，对被告人从轻或减轻处罚。因此，虽然归还财物不能免除刑事责任，但可以在一定程度上减轻被告人的刑罚。
建议：
- 如果您或您身边的人涉及此类情况，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对策略。
- 在面对公司的报案和公安机关的侦查时，应积极配合调查，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。
- 如果可能的话，可以尝试与公司进行协商，看是否能够达成和解，以减少法律纠纷和不必要的损失。
可能的法律后果：
- 如果最终被认定构成职务侵占罪，可能会面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
- 即使归还了财物，也不能完全排除被起诉和判刑的可能性，但归还行为可以在量刑时作为从轻处罚的情节。
总之，面对这种情况，应尽快寻求专业律师的帮助，了解具体的法律风险和应对策略，以最大程度地保护自己的合法权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。