结论：公司拖欠工资后补发，但让您填借支单的做法不正确且存在法律风险，您有权拒绝并要求公司以正常工资发放形式处理。以下从法律性质、潜在风险、应对建议三个角度详细分析：

一、法律性质：借支单与工资发放的本质区别

1. 借支单的法律属性
   借支单通常用于员工因个人原因（如临时资金周转）向公司预支款项，属于借贷关系。员工需在后续工资中抵扣或另行偿还，公司有权要求员工签署借条或还款协议。
   法律依据：根据《民法典》第六百六十七条，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。若借支单未明确约定为“工资补发”，可能被认定为借款。

2. 工资发放的法律要求
   工资是员工提供劳动的对价，公司必须按约定时间、形式足额支付（《劳动法》第五十条）。补发工资应通过正常工资发放流程（如银行转账、工资条注明“补发”），并保留支付记录作为劳动争议证据。
   关键点：若公司以借支单形式发放工资，可能被认定为“未足额支付工资”，违反《劳动合同法》第三十八条，员工可据此主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

二、潜在风险：对员工权益的损害

1. 证据风险
   借支单未明确用途时，公司可能否认该款项为工资，导致员工在后续维权（如主张加班费、未休年假工资等）时缺乏关键证据。
   示例：若公司后续拖欠工资，员工主张补发部分为工资时，公司可能以“借支单已抵扣”为由抗辩，员工需承担举证责任。

2. 税务风险
   工资需依法申报个人所得税，而借款无需纳税。若公司通过借支单发放工资，可能涉嫌偷逃税款，员工可能被牵连承担补税、罚款等责任（《税收征收管理法》第六十三条）。

3. 劳动关系认定风险
   若公司长期以借支单形式发放工资，可能被认定为“未建立劳动关系”，影响员工主张社保、工伤赔偿等权益（《关于确立劳动关系有关事项的通知》第一条）。

三、应对建议：如何维护自身权益

1. 拒绝签署借支单，要求正常发放
   明确告知公司：“补发工资应通过工资卡转账，并注明‘补发X月工资’，借支单不符合法律规定。”若公司坚持，可要求出具书面说明（如“此借支单用于补发工资，无需偿还”）。

2. 保留证据，准备维权

   • 保存劳动合同、工资条、考勤记录等证明劳动关系的材料；
     
   • 录音或书面记录公司承认拖欠工资及补发金额的证据；
     
   • 若公司拒不改正，可向当地劳动监察大队投诉（《劳动保障监察条例》第十一条）或申请劳动仲裁（《劳动争议调解仲裁法》第五条）。

3. 计算经济补偿（如需解除合同）
   若公司以借支单为由拒发工资，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金。
   计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（工作满6个月按1年计算，不满6个月按0.5年计算）。
   示例：工作3年8个月，月工资8000元，经济补偿金为 4 × 8000 = 32000元。

总结：公司要求填借支单补发工资的行为违法且风险极高，您应坚决拒绝并要求正常发放。若公司坚持，务必保留证据并通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。