结论：怀孕期间只上半天班，单位不可以直接单方面决定只发半天工资，具体工资发放情况需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 法律法规层面
   • 根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期、产期、哺乳期享有特殊的劳动保护权益。用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
   • 如果女职工因怀孕身体原因，经医疗机构证明需要减少工作时间的，用人单位应当予以安排。但这并不意味着用人单位可以直接按照减少后的工作时间来降低工资。在这种情况下，双方可以协商工资待遇问题。如果协商一致，按照协商结果执行；如果协商不一致，用人单位不能单方面降低工资，否则可能构成违法。
2. 劳动合同约定层面
   • 如果劳动合同中明确约定了工资的计算方式与工作时间紧密相关，例如按照实际工作小时数计算工资，且女职工怀孕后与用人单位协商一致减少工作时间并按照新的工作时间计算工资，那么单位按照半天工资发放可能是合理的。但这种协商一致必须是女职工自愿且明确表示同意的，不能存在胁迫、欺诈等情形。
   • 若劳动合同中没有这样的特别约定，用人单位擅自按照半天工资发放就缺乏合同依据，属于违法行为。
3. 实际工作情况层面
   • 如果女职工虽然只上半天班，但在这半天内完成了正常全天工作量的工作任务，或者用人单位安排的工作任务与正常全天工作量相当，那么单位只发半天工资显然是不合理的，女职工有权要求单位按照正常工资标准发放。
   • 如果女职工确实因为身体原因只能承担半天的工作量，且用人单位也根据实际情况调整了工作任务，使得半天的工作量与原正常半天工作量相当，在这种情况下双方可以协商工资待遇。如果协商后确定按照半天工资发放，那么是可以的；但如果女职工认为工资过低，也可以与单位进一步协商或者通过法律途径解决。

建议：如果遇到这种情况，女职工可以先与用人单位进行友好协商，明确工资发放的标准和依据。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动法律方面的问题，欢迎随时向我咨询。