结论：儿子在别的公司上班，同时与妈妈的公司合作，这一行为本身并不直接违法，但需要满足一定的条件并遵循相关法律法规，否则可能涉及违法违规问题。以下从不同角度进行分析：
一、合法合作的前提
合规性：儿子与妈妈公司的合作必须遵守国家法律法规，包括但不限于公司法、合同法、反不正当竞争法等。合作内容应合法合规，不得涉及违法违规活动。
利益冲突回避：如果儿子在妈妈公司担任董事、监事或高级管理人员等职务，或者对妈妈公司的决策有重大影响，那么他与妈妈公司的合作可能涉及利益冲突。在这种情况下，需要确保合作决策过程透明、公正，且符合公司章程和法律法规的规定，以避免利益输送或损害公司利益。
信息披露：如果儿子与妈妈公司的合作涉及关联交易，即一方能够控制或施加重大影响于另一方的经营和财务决策，那么应当按照相关法律法规和公司章程的规定进行信息披露，以确保交易的公平性和透明度。
二、可能涉及的违法违规问题
职务侵占或挪用资金：如果儿子利用在妈妈公司或现就职公司的职务便利，侵占或挪用公司资金用于与妈妈公司的合作，那么这一行为可能构成职务侵占罪或挪用资金罪。
利益输送：如果儿子通过不正当手段，如低价转让资产、高价采购商品等，将妈妈公司或现就职公司的利益输送给另一方，那么这一行为可能违反反不正当竞争法或相关公司法规，甚至可能构成犯罪。
违反竞业禁止义务：如果儿子与现就职公司签订了竞业禁止协议，而他在协议有效期内与妈妈公司进行合作，且合作内容与现就职公司的业务存在竞争关系，那么这一行为可能违反竞业禁止协议，并可能面临法律责任。
三、法律建议
审查合作协议：在合作前，应仔细审查合作协议的内容，确保合作条款合法合规，且不存在利益冲突或违法违规的潜在风险。
咨询专业律师：由于涉及复杂的法律关系和潜在的违法违规风险，建议在合作前咨询专业律师的意见，以确保合作的合法性和安全性。当然，你也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。
加强内部管理：妈妈公司应建立健全的内部管理制度，包括关联交易审批制度、利益冲突回避制度等，以规范公司运营和防范法律风险。
总结：儿子与妈妈公司的合作本身并不直接违法，但需要满足一定的条件并遵循相关法律法规。在合作前，应仔细审查合作协议、咨询专业律师意见，并加强内部管理，以确保合作的合法性和安全性。