工程结算时规费被扣除，可通过以下步骤申诉解决：
核查合同与法规依据
首先需确认规费扣除是否符合合同约定及法律规定。
- 合同审查：检查施工合同中是否明确约定规费的计取方式（如是否包含在综合单价中、是否按比例扣除等）。若合同未约定或约定模糊，根据《民法典》第510条，可按交易习惯或行业惯例主张权利。
- 法规依据：规费通常包括社会保险费、住房公积金等，属于法定不可竞争费用。根据《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2013）第3.1.6条，规费应按省级建设主管部门的规定计算，不得作为竞争性费用。若扣除行为违反此规定，可主张无效。
收集证据材料
申诉需以证据为基础，重点收集以下材料：
- 结算文件：包括招标文件、投标文件、中标通知书、施工合同、结算书等，证明规费原应计取的金额。
- 缴费凭证：如社会保险费、住房公积金的缴纳记录，证明实际发生费用。
- 沟通记录：与发包方或审计方的往来函件、会议纪要等，证明对扣除行为提出过异议。
- 行业规范：引用当地建设主管部门发布的规费计取标准文件，作为主张依据。
协商与申诉途径
- 内部协商：优先与发包方沟通，明确扣除原因（如是否因政策调整、计算错误等），要求补充结算或调整合同价款。
- 行政申诉：若协商无果，可向当地建设行政主管部门（如住建局、造价管理站）投诉，提交证据材料，请求介入调解或裁决。
- 仲裁/诉讼：若合同约定仲裁条款，可申请仲裁；未约定的，可直接向法院起诉，主张返还被扣除的规费及利息。
注意事项
- 时效性：注意合同约定的争议解决期限（如结算审核期、诉讼时效等），避免超期丧失权利。
- 专业支持：规费计算涉及造价鉴定，可委托专业造价机构出具报告，增强主张说服力。
- 风险防范：未来合同中应明确规费计取方式（如“按实结算”或“包干使用”），避免歧义。
总结：规费被扣除的申诉需以合同和法规为依据，通过证据收集、协商、行政或司法途径解决。建议根据具体情况选择合适策略，必要时委托律师协助处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。