关于工程结算后发生费用是否应扣除的问题，需分情况讨论，结论如下：

1. 若费用属于合同约定范围且未超支

• 结论：不应扣除。
• 法律背景：根据《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务。若合同已明确工程范围、价款及支付方式，且结算时已涵盖全部费用，后续发生的合理费用（如合同内未完成部分的修复、调试等）应视为合同履行的一部分，不应额外扣除。
• 建议：核查合同条款，确认费用是否在合同范围内。若属合同义务，可拒绝扣除要求。

2. 若费用因承包方违约产生

• 结论：应扣除，且承包方可能承担违约责任。
• 法律背景：根据《民法典》第五百七十七条，违约方需承担继续履行、补救或赔偿损失等责任。若费用因承包方未按合同标准施工（如质量不达标需返工）、逾期完工导致额外支出（如管理费、设备闲置费）等产生，发包方有权从结算款中扣除相应费用。
• 建议：
  • 收集违约证据（如检测报告、工期延误记录）；
  • 书面通知承包方扣除费用及依据；
  • 若协商无果，可依据合同仲裁条款或向法院起诉。

3. 若费用因发包方变更需求产生

• 结论：通常不应扣除，且发包方可能需补偿。
• 法律背景：根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可变更合同。若费用因发包方新增工程内容、调整设计等变更需求导致（如增加设备、修改施工方案），且双方已就变更部分签订补充协议或确认单，则费用应按变更后约定支付，发包方无权扣除。
• 建议：
  • 核查变更流程是否合规（如是否经双方签字确认）；
  • 若未签订补充协议，可主张按实际发生费用结算；
  • 保留变更通知、会议纪要等证据。

4. 若费用性质存疑或合同未约定

• 结论：需通过协商、鉴定或诉讼确定责任。
• 法律背景：根据《民法典》第五百一十条，合同未约定或约定不明时，可协议补充；达不成协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。若费用性质（如是否属保修范围、是否因第三方原因导致）无法明确，双方可委托第三方机构鉴定，或通过诉讼解决。
• 建议：
  • 优先协商，明确费用承担方；
  • 协商不成时，及时委托鉴定或起诉；
  • 保留费用发生凭证（如发票、付款记录）。

法律后果提示

• 若发包方无正当理由扣除费用，可能构成违约，需赔偿承包方损失（如利息、律师费）；
• 若承包方拒绝承担应扣费用，可能面临发包方起诉或工程款被冻结的风险。

如有具体合同条款或费用明细，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。