工程结束后收取的安全费用，需根据费用性质、合同约定及法律规定进行合规处理，核心原则是确保费用使用合法、账目清晰、符合双方约定及行业规范。具体处理方式需结合以下角度分析：

1. 明确费用性质：是“安全保证金”还是“安全服务费”？

• 若为安全保证金（如承包方缴纳的履约保证金）：
  需按合同约定退还。若工程期间未发生安全事故或违约行为，发包方应在验收合格后全额退还；若存在违约（如未落实安全措施），可按合同扣除部分或全部保证金，但需保留书面证据（如整改通知、罚款依据等）。
  法律依据：《民法典》第587条（定金罚则）、第701条（保证金约定）。

• 若为安全服务费（如发包方直接支付给承包方的安全防护费用）：
  需确认费用是否已实际用于安全措施（如购买防护设备、培训等）。若费用已使用，需留存发票、采购记录等凭证；若未使用，需按合同约定处理（如返还或抵扣其他款项）。
  风险提示：若费用未专款专用，可能被认定为“虚增成本”或“挪用资金”，需承担行政或刑事责任。

2. 核查合同约定：费用处理需以书面条款为准

• 合同中若明确约定“安全费用不退还”或“用于抵扣工程款”，需按约定执行，但条款不得违反法律强制性规定（如《安全生产法》要求安全投入必须足额保障）。
  
• 若合同未约定或约定模糊，需双方协商补充协议；协商不成，可依据行业惯例或公平原则处理（如按实际投入比例分摊）。

3. 合规性审查：避免法律风险

• 税务合规：安全费用若涉及增值税，需按“建筑服务”或“安全服务”税率开具发票；若为保证金，退还时无需开票，但需留存收据。
  
• 审计风险：政府投资项目或上市公司需接受审计，安全费用需单独列支，避免与工程款混同。
  
• 行政处罚：若未按规定使用安全费用（如未购买保险、未配备安全员），可能被应急管理部门处罚（《安全生产法》第93条）。

4. 实务建议：分步骤处理

1. 整理资料：收集合同、付款凭证、安全措施记录（如照片、验收报告）、发票等。
   
2. 核对账目：计算实际安全投入金额，与收取费用对比，确定应退还或留存部分。
   
3. 书面确认：与对方签署《安全费用结算协议》，明确处理方式及责任划分。
   
4. 留存证据：所有沟通记录、协议、凭证需保存至少3年（民事诉讼时效为3年）。

如有具体场景（如工程类型、费用金额、争议点），可进一步提供细节，我会结合案例为您分析。