核心结论：安全文明施工费在竣工后未用完，甲方通常应按照合同约定处理；若无约定，可与乙方协商或依据法律规定处理。以下为详细分析：

1. 合同约定优先
   若甲乙双方在施工合同中明确约定了安全文明施工费未使用完毕的处理方式（如返还甲方、抵扣其他费用、由乙方继续用于工程维护等），则应优先按照合同约定执行。合同是双方权利义务的法律依据，具有最高效力。

2. 无约定时的处理原则
   若合同未约定，根据《民法典》合同编及相关司法解释，甲方可采取以下方式：

   • 协商处理：与乙方协商剩余费用的用途（如用于工程保修、弥补其他费用缺口等），达成补充协议。
     
   • 法定原则：若协商不成，剩余费用可能被认定为乙方已履行合同义务后的节余，原则上归乙方所有（除非能证明乙方未实际支出该费用或存在违约行为）。但若费用属于甲方预先支付且未实际发生，甲方有权要求返还。

3. 特殊情形处理

   • 乙方违约：若乙方未按合同约定使用安全文明施工费（如挪作他用、未达到安全文明施工标准），甲方有权要求乙方返还剩余费用，并可能追究违约责任。
     
   • 工程变更：若因设计变更、工程量增减导致费用未用完，双方应按实际发生费用结算，剩余部分按合同调整机制处理。

4. 实务建议

   • 甲方应在合同中明确安全文明施工费的使用范围、结算方式及未用完的处理规则，避免争议。
     
   • 竣工后，双方应共同核对费用支出凭证，确保剩余费用计算准确。
     
   • 若发生争议，可依据合同约定申请仲裁或提起诉讼，由法院或仲裁机构根据证据和法律规定裁决。

提示：具体处理需结合合同条款、费用实际使用情况及双方协商结果。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供法律意见。