工程完工逾期未结算，是否扣费用需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果工程合同中明确规定了工程完工后逾期未结算的违约责任，包括是否扣费用、扣费用的比例或金额等，那么双方应严格按照合同约定执行。例如，合同可能规定，若发包方在工程完工后一定期限内未完成结算，则需按日支付违约金，或者从应付工程款中扣除一定比例的费用作为惩罚。
合同中无明确约定：
- 若合同中未对逾期未结算的违约责任进行明确约定，则双方应首先通过协商解决。协商不成的，可以根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，寻求法律途径解决。在此情况下，扣费用并非默认的法律后果，而是需要依据具体法律条款和案件事实进行判断。
二、法律规定角度
发包方责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，发包方有义务按照合同约定的时间和方式支付工程款。若发包方逾期未结算，可能构成违约，应承担相应的违约责任。但违约责任的具体形式（如是否扣费用）需依据合同约定或法律规定确定。
承包方权利：
- 承包方在工程完工后，有权要求发包方按照合同约定进行结算并支付工程款。若发包方逾期未结算，承包方可以通过法律途径维护自己的合法权益，如提起诉讼或申请仲裁等。在此过程中，承包方可以要求发包方支付逾期付款的利息或违约金等，但具体是否扣费用需依据合同约定或法院判决。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 双方应首先审查工程合同中的相关条款，明确逾期未结算的违约责任和后果。
协商解决：
- 在合同约定不明确或存在争议的情况下，双方应积极协商，寻求妥善解决方案。协商过程中，可以就逾期未结算的原因、责任归属、补救措施等问题进行充分沟通。
法律途径：
- 若协商不成，双方可以通过法律途径解决争议。在此过程中，建议咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，工程完工逾期未结算是否扣费用，需根据合同约定和法律规定进行判断。在合同有明确约定的情况下，双方应严格按照合同执行；在合同无明确约定的情况下，双方应通过协商或法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。