如果发现工程结算时多发了钱，您可以按照以下步骤来处理：

一、及时沟通与协商

首先，一旦发现多付了工程款，应立即与收款方（如承包商、供应商等）进行沟通。明确指出多付的事实，并提供相关的付款凭证、合同约定以及结算文件作为依据。要求对方返还这笔不当得利，并尽量通过友好协商的方式解决此问题。

二、签订书面协议

如果双方能够达成一致意见，建议签订一份书面协议。这份协议应详细记录退款金额、退款方式（如银行转账、现金等）、退款时间以及双方的责任和义务等具体事宜。这样做可以避免后续产生不必要的纠纷，确保退款过程顺利进行。

三、寻求法律途径

如果协商无果，收款方拒绝返还多付的工程款，那么您可能需要通过法律手段来解决此问题。首先，收集并整理好所有与多付工程款相关的证据材料，包括付款凭证、合同约定、结算文件、沟通记录等。然后，向当地法院提起诉讼，要求收款方返还不当得利及相应利息。

在诉讼过程中，您需要严格按照法定程序进行举证、质证等环节，以维护自身的合法权益。如果法院认定收款方构成不当得利，会判决其返还多付的款项及相应利息。

四、加强内部管理与监督

为了避免类似情况再次发生，建议您加强内部管理与监督。例如，建立完善的工程结算审核制度，确保结算金额的准确性；加强对相关人员的培训和教育，提高他们的专业素养和责任心；定期对工程项目进行审计和检查，及时发现并纠正问题。

总之，处理工程结算多付钱的问题需要您及时沟通、协商并签订书面协议；如果协商无果，则需要通过法律途径来维护自身权益；同时，加强内部管理与监督也是预防类似问题再次发生的重要措施。