在基建工程结算时，如果发包方对工程违规进行罚款扣款，这一行为需要依据相关法律法规和合同条款来具体处理。以下是对此问题的详细解答：
一、违规罚款扣款的合法性判断
首先，需要明确的是，发包方对工程违规的罚款扣款并非随意进行，而是必须基于法律法规的明确规定以及双方签订的合同条款。如果合同中明确规定了违规行为的罚款标准和扣款方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么发包方在结算时有权按照合同约定进行罚款扣款。
二、违规行为的认定与处理
违规行为的认定：
- 违规行为通常指的是承包方在施工过程中违反了法律法规、行业标准或合同约定的行为，如使用不合格材料、未按照设计图纸施工、工期延误等。
- 发包方在认定违规行为时，应确保有充分的证据支持，如现场照片、监理报告、检测报告等。
违规行为的处理：
- 根据合同约定，发包方可以对违规行为进行罚款或扣款。罚款或扣款的金额应明确、合理，且不得超过合同约定的上限。
- 如果违规行为导致了工程质量问题或安全事故，发包方还应依法追究承包方的民事责任，甚至行政责任或刑事责任。
三、罚款扣款的程序与注意事项
程序要求：
- 发包方在决定罚款扣款前，应通知承包方，并告知其违规行为的具体事实、罚款或扣款的依据和金额。
- 承包方有权对罚款扣款提出异议，发包方应认真听取并合理处理。
- 罚款扣款应在结算时明确列出，并作为结算款项的一部分进行扣除。
注意事项：
- 发包方应确保罚款扣款的合法性和合理性，避免滥用权力或侵犯承包方的合法权益。
- 如果合同中没有明确规定罚款扣款的标准和方式，发包方应与承包方协商确定，或依据相关法律法规和行业标准进行处理。
- 在处理违规行为时，发包方应注重证据的收集和保存，以便在需要时提供证明。
四、法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果发包方未经合法程序或依据不足对承包方进行罚款扣款，承包方有权依法提起诉讼或仲裁，要求发包方返还被扣款项并赔偿损失。
- 违规发包或处理违规行为不当还可能导致发包方承担行政责任或刑事责任。
风险防范：
- 发包方应在合同中明确规定违规行为的罚款标准和扣款方式，以减少争议和风险。
- 在施工过程中，发包方应加强监督和管理，及时发现并纠正承包方的违规行为。
- 在处理违规行为时，发包方应遵循合法、公正、合理的原则，确保处理结果的合法性和有效性。
综上所述，基建工程结算时发包方对工程违规的罚款扣款需要依据法律法规和合同条款来具体处理。发包方应确保罚款扣款的合法性和合理性，遵循合法程序，并注重风险防范。