在工程款大于罚款的情况下，通常可以按照以下方式处理：
合同优先原则：首先，需要查看双方签订的工程合同中是否有关于工程款与罚款处理的具体条款。如果合同中有明确规定，比如工程款在扣除罚款后的支付方式、时间节点等，那么应当优先按照合同约定来执行。这是基于合同法的自愿、平等、公平原则，双方既然已经达成了合意，就应当遵守。
协商处理：如果合同中没有明确规定或者规定不够明确，双方可以坐下来进行友好协商。协商的内容可以包括罚款的合理性、工程款的具体数额、支付方式以及支付时间等。通过协商，双方可以达成一个互利共赢的解决方案，避免因为法律纠纷而影响工程的进度和双方的合作关系。
法律途径解决：如果协商无果，或者一方认为另一方的行为已经构成了违约或侵权，那么可以通过法律途径来解决。具体来说，可以向法院提起诉讼或者向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据双方提供的证据和法律规定，对工程款和罚款进行裁决。如果工程款确实大于罚款，且没有其他合法理由进行扣减，那么法院或仲裁机构通常会判决支付方按照工程款的全额进行支付，并可能要求支付方承担一定的违约责任或赔偿损失。
在处理这类问题时，还需要注意以下几点：
保留证据：无论是协商还是诉讼，都需要有充分的证据来支持自己的主张。因此，在工程实施过程中，双方都应当注意保留与工程款和罚款相关的证据，比如合同、发票、付款记录、罚款通知等。
及时沟通：在发现工程款大于罚款或者存在其他争议时，双方应当及时进行沟通，避免问题积累导致矛盾激化。通过及时沟通，可以尽早发现问题、解决问题，维护双方的合作关系。
遵守法律程序：如果需要通过法律途径来解决争议，那么双方都应当遵守法律程序，按照法院或仲裁机构的要求提供证据、参加庭审等。只有遵守法律程序，才能确保自己的权益得到合法保护。