在高校基建项目建设中，若施工企业存在违规行为被罚款，企业应按照以下步骤处理：

1. 确认罚款的合法性

   • 依据审查：首先需核实罚款的依据是否合法，包括是否依据《行政处罚法》《建筑法》《招标投标法》等法律法规，以及地方性法规或部门规章。
     
   • 程序审查：检查罚款程序是否合法，例如是否出具书面处罚决定书、是否告知企业陈述申辩权、是否符合听证程序要求等。若程序违法，企业可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
     

2. 积极配合调查与整改

   • 配合执法：企业应配合行政机关的调查，提供相关证据材料，避免因抗拒执法导致罚款加重或引发其他处罚。
     
   • 立即整改：针对违规行为，企业需立即停止违法行为，并按照要求整改，避免问题扩大或引发更严重的法律后果。
     

3. 申请听证或复议

   • 听证申请：若罚款金额较大或对企业影响重大，企业可在收到处罚决定书后3日内申请听证，通过听证程序陈述意见、提供证据，争取减轻或撤销处罚。
     
   • 行政复议：若对处罚决定不服，企业可在60日内向作出处罚决定的机关的上一级主管部门申请行政复议，要求撤销或变更处罚。
     

4. 缴纳罚款或履行处罚决定

   • 按时缴纳：若确认罚款合法且无异议，企业应在规定期限内缴纳罚款，避免因逾期缴纳产生滞纳金或被强制执行。
     
   • 履行其他义务：若处罚决定包含其他义务（如整改、恢复原状等），企业需全面履行，否则可能面临更严厉的处罚。
     

5. 内部追责与制度完善

   • 内部追责：企业应对违规行为进行内部调查，追究相关责任人的责任，避免类似问题再次发生。
     
   • 完善制度：针对违规行为暴露的管理漏洞，企业应完善内部管理制度，加强合规培训，确保施工活动符合法律法规要求。
     

6. 法律救济途径

   • 行政诉讼：若企业对行政复议结果仍不服，可在收到复议决定书后15日内向法院提起行政诉讼，通过司法程序维护合法权益。
     
   • 国家赔偿：若行政机关的处罚行为被确认违法且给企业造成损失，企业可依法申请国家赔偿。
     

总结：企业面对违规罚款时，应首先确认罚款的合法性，积极配合调查并整改，必要时通过听证、复议或诉讼等法律途径维护权益，同时加强内部管理，避免类似问题再次发生。若需进一步法律帮助，可直接向我咨询。