施工企业参与违建的处理方式需结合具体情节和法律后果综合判断，我将从行政责任、民事责任、刑事责任三个维度展开分析：
1. 行政责任层面
根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可内容建设的，由城乡规划部门责令停止建设、限期改正（可采取改正措施消除影响的），处工程造价5%-10%罚款；无法改正的，限期拆除（不能拆除的没收实物或违法收入，可并处工程造价10%以下罚款）。
施工企业责任：若明知项目无规划许可仍施工，可能被认定为共同违法行为人，与建设单位承担连带行政处罚责任，包括罚款、没收违法所得等。
2. 民事责任层面
- 合同效力问题：根据《民法典》第一百五十三条，违反法律强制性规定的合同无效。施工企业与建设单位签订的施工合同可能因违建被认定无效，双方需返还财产或折价补偿，有过错方需赔偿对方损失。
- 工程质量纠纷：若违建因质量问题导致人身或财产损害，施工企业可能因未尽到合理施工义务（如未按规范操作）承担侵权赔偿责任，即使合同无效，仍需根据过错比例分担责任。
3. 刑事责任层面
若违建行为涉及以下情形，施工企业可能构成犯罪：
- 非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条）：违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大（如占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），造成耕地等农用地大量毁坏的，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
- 重大责任事故罪（《刑法》第一百三十四条）：在违建施工过程中因违反安全管理规定导致重大伤亡事故（如死亡1人以上或重伤3人以上），对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
- 工程重大安全事故罪（《刑法》第一百三十七条）：若违建工程存在质量问题，导致重大安全事故（如造成10人以上重伤或直接经济损失50万元以上），对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；后果特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
实务建议
- 施工前核查：要求建设单位提供规划许可证、施工许可证等合法手续，拒绝无证施工；
- 合同条款设计：在合同中明确约定“若因建设单位原因导致工程被认定为违建，施工企业不承担行政处罚及民事赔偿责任”；
- 过程留痕：保存施工过程中的沟通记录、书面指令等证据，证明自身无过错；
- 及时止损：发现项目涉嫌违建时，立即停止施工并书面通知建设单位，避免扩大损失。
若您遇到具体案件，可进一步向我提供违建类型（如住宅、商业、工业）、是否涉及农用地、是否发生安全事故等细节，我将为您定制法律风险防控方案。