当企业存在违建行为时，国土资源局（或更具体地说，是城乡规划主管部门，通常在地方层面由自然资源局或相关规划部门执行此类职能）会依据相关法律法规进行严肃处理。以下是企业违建时，国土资源局可能采取的处理措施及流程：
一、法律依据
主要依据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定。该法明确指出，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物等工程建设的，建设单位或个人应当向相关部门申请办理建设工程规划许可证。未取得许可证或未按照许可证规定进行建设的，将受到法律制裁。
二、处理措施
责令停止建设：
- 一旦发现企业违建，城乡规划主管部门会立即下达《责令停止违法行为通知书》，要求企业立即停止建设活动。
限期改正：
- 对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的违建，主管部门会责令企业在规定期限内进行改正，如补办规划许可证、调整建设方案等。
- 同时，可能会处以建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款，具体比例根据违建情节的严重程度和改正态度决定。
限期拆除或没收：
- 对于无法采取改正措施消除影响的违建，主管部门会责令企业在规定期限内自行拆除。
- 若企业逾期不拆除，主管部门有权依法强制拆除，并可能处以建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 若违建不能拆除，主管部门将没收实物或违法收入，并可能并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
三、处理流程
立案调查：
- 主管部门在发现违建行为后，会进行立案调查，收集相关证据，如现场照片、规划图纸、建设合同等。
下达处罚决定：
- 根据调查结果，主管部门会依法下达行政处罚决定书，明确处罚内容、依据和期限。
执行处罚：
- 企业应在规定期限内履行处罚决定，如缴纳罚款、拆除违建等。
- 若企业不履行处罚决定，主管部门有权依法申请法院强制执行。
四、实际案例参考
以阿荣旗自然资源局的两份行政处罚决定书为例：
- 案例一：某实业发展有限公司未取得建设工程规划许可证擅自建设彩钢库房，被责令停止建设并限期改正。后经旗政府规划会议审议通过，符合规划，最终被处以违法建设工程造价百分之五的罚款。
- 案例二：某房地产开发有限公司未按照建设工程规划许可证进行建设，其中4#楼超建部分被处以百分之十的罚款，5#楼超建部分因无法采取改正措施且已销售，被没收违法收入并可能并处罚款。
五、建议与提醒
- 企业应严格遵守规划法规：在建设前务必办理相关规划许可证，确保建设活动合法合规。
- 积极配合主管部门调查：一旦发现违建行为，应主动配合主管部门的调查和处理工作，争取从轻或减轻处罚。
- 及时履行处罚决定：在收到处罚决定书后，应在规定期限内履行处罚内容，避免产生更严重的法律后果。
综上所述，企业违建时，国土资源局（或城乡规划主管部门）会依据相关法律法规进行严肃处理，包括责令停止建设、限期改正、限期拆除或没收等措施。企业应严格遵守规划法规，积极配合主管部门工作，及时履行处罚决定。