在建设工程合同中，关于“罚款”的约定及其处理方式，确实是一个需要细致探讨的问题。首先，我们需要明确“罚款”与“违约金”在法律上的本质区别，这是判断合同中“罚款”条款合法性的关键。

一、罚款与违约金的概念及性质

1. 罚款：通常是由国家有权机关，如行政机关，对违反行政法规的行为所采取的处罚措施。它体现的是不平等主体间的法律关系，即行政机关与被处罚者之间的关系。

2. 违约金：则是合同双方约定的，当一方违约时，应向对方支付的一定数额的金钱。它的目的是弥补因违约给对方造成的损失，体现的是平等主体间的约定关系。

二、建设工程合同中“罚款”条款的合法性分析

在建设工程合同中，如果约定的“罚款”实际上是作为违约金来设定的，即用于补偿因违约行为给对方造成的损失，那么这种约定是合法的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。同时，法律也规定了若约定的违约金低于或过分高于造成的损失时的处理方式，即人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加或适当减少。

然而，如果合同中的“罚款”被认定为具有处罚性质，即一方试图对另一方进行类似行政处罚的行为，那么这种约定是违法的。因为建设工程合同的双方是平等的民事主体，不存在一方对另一方进行行政处罚的权力。

三、合同中罚款结算时的处理方式

1. 若“罚款”为违约金性质：

   • 在结算时，应按照合同约定的违约金数额进行支付。
   • 如果违约金数额低于或过分高于实际损失，双方可以协商调整，或通过法律途径请求人民法院或仲裁机构予以增加或减少。

2. 若“罚款”为处罚性质：

   • 这种条款是无效的，因此在结算时无需考虑。
   • 如果因该条款引发纠纷，双方应通过法律途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

四、实践建议

1. 在签订合同时：

   • 应明确将“罚款”条款表述为“违约金”条款，以避免法律上的误解和纠纷。
   • 违约金数额的设定应遵循公平原则，一般不超过实际损失的30%，以确保其合法性和有效性。

2. 在履行合同过程中：

   • 双方应严格遵守合同约定，特别是关于违约金的条款。
   • 如果发生违约行为，应按照合同约定的方式处理违约金事宜。

3. 在发生纠纷时：

   • 双方应首先尝试通过协商或调解解决纠纷。
   • 如果协商或调解无果，可以通过法律途径解决，如仲裁或诉讼等。

综上所述，建设工程合同中约定“罚款”条款的合法性取决于该条款的具体内容和性质。在签订合同时，双方应明确条款的性质并合理约定违约金数额；在履行合同过程中，应严格遵守合同约定；在发生纠纷时，应通过合法途径解决。