在建设工程合同中，建设单位与施工单位关于“罚款”的约定是否合法，这确实是一个需要细致分析的问题。首先，我们要明确“罚款”与“违约金”在法律上的本质区别，这是判断此类条款合法性的关键。

一、罚款与违约金的法律性质

1. 罚款：通常是由国家有权机关，如行政执法部门，对违反行政法规的行为所采取的处罚措施。它体现的是不平等主体间的法律关系，即行政机关与被处罚者之间的关系。

2. 违约金：则是合同双方约定的，当一方违约时，应向对方支付的一定数额的金钱。它的目的是弥补因违约给对方造成的损失，体现的是平等主体间的约定。

二、建设工程合同中“罚款”条款的合法性分析

1. 作为违约金性质的“罚款”：

   • 如果合同中的“罚款”实际上是作为违约金来设定的，即用于补偿因违约行为给对方造成的损失，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么它是合法的。例如，合同中可以约定，如果施工单位未能按时完成工程，需向建设单位支付一定数额的违约金。
   • 在这种情况下，建议合同中明确表述为“违约金”而非“罚款”，以避免法律上的误解和纠纷。

2. 作为处罚性质的“罚款”：

   • 如果合同中的“罚款”被认定为处罚性质，即建设单位试图通过合同条款对施工单位进行行政处罚，那么这种约定是违法的。因为建设单位并不具备行政执法部门的职能，无权对施工单位进行罚款。
   • 这种情况下，合同条款可能因违反法律的强制性规定而被认定为无效，并可能引发法律纠纷。

三、具体判断因素与实践操作

1. 约定的具体内容：

   • 合同中的“罚款”（或违约金）条款应与特定的违约行为相关联，且金额应合理，没有明显过高或过低的情况。
   • 违约金数额的设定应遵循公平原则，一般不超过实际损失的30%，以确保其合法性和有效性。

2. 明确条款性质：

   • 在签订合同时，双方应明确条款的性质是违约金而非处罚性质的罚款。这可以通过在合同中明确表述、对条款进行详细解释等方式来实现。

3. 遵守法律法规：

   • 在签订和履行建设工程合同时，双方应严格遵守相关法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。特别是要注意避免将行政处罚性质的条款纳入合同中。

四、结论与建议

综上所述，建设工程合同中约定“罚款”条款的合法性取决于该条款的具体内容和性质。如果“罚款”是作为违约金来约定的，用于弥补因违约给对方造成的损失，并且不违反法律法规的强制性规定，那么它是合法的；如果“罚款”是作为处罚来约定的，那么它是违法的。

因此，我建议建设单位和施工单位在签订合同时，应明确条款的性质并合理约定违约金数额。同时，双方应加强沟通与协作，共同维护正常的建设市场秩序。如果发生争议或纠纷，应通过合法途径解决，如依据合同约定进行违约索赔或向相关行政执法部门举报等。