关于建筑公司（这里主要指建设单位）对施工单位进行罚款是否合法的问题，这确实是一个涉及合同法和行政处罚法的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：

一、合同约定下的罚款合法性

1. 作为违约金的罚款：

   • 如果建设单位和施工单位在建设工程施工合同中明确约定了特定情形下的“罚款”条款，并且这种“罚款”实际上是作为违约金来设定的，即用于补偿因违约行为给对方造成的损失，那么这种约定在合同法的框架下是合法有效的。但前提是，该约定必须不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示。
   • 例如，合同中可以约定，如果施工单位未能按时完成工程，将按照合同总金额的某个比例支付违约金。这样的约定是合法的，因为它符合违约金的定义和性质。

2. 作为处罚的罚款：

   • 如果合同中的“罚款”被认定为处罚性质，即建设单位试图通过罚款来惩罚施工单位的违规行为，而非补偿损失，那么这种约定可能是不合法的。因为罚款通常是由国家有权机关对违反行政法规的行为所采取的处罚措施，体现的是不平等主体间的法律关系。而建设工程合同的双方是平等的民事主体，不存在一方对另一方进行行政处罚的权力。

二、无合同约定下的罚款合法性

• 如果建设单位和施工单位在合同中没有相关罚款约定，那么建设单位擅自对施工单位进行罚款是缺乏合同依据的，因此是不合法的。在这种情况下，建设单位应通过其他合法途径来解决争议，如依据合同约定进行违约索赔，或向相关行政执法部门举报施工单位的违法违规行为。

三、行政处罚法的相关规定

• 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款属于行政处罚的一种，只能由法律、法规或规章规定的行政执法部门实施。建设单位作为工程的发包方，并不具备行政执法部门的职能，因此无权对施工单位进行罚款。如果建设单位以罚款为名行其他非法目的之实，或罚款金额过高显失公平，将可能构成违法行为。

四、综合建议

• 对于建设单位而言，应严格依据合同约定进行违约索赔，避免擅自对施工单位进行罚款。如果施工单位存在违法违规行为，应向相关行政执法部门举报，由其依法进行处理。
• 对于施工单位而言，应仔细审查合同条款，确保合同中的“罚款”条款是作为违约金来约定的，而非处罚性质。同时，在施工过程中应严格遵守法律法规和合同约定，避免给建设单位造成损失。

综上所述，建筑公司（建设单位）对施工单位进行罚款的合法性取决于合同条款的具体内容和性质。在大多数情况下，如果合同中没有明确约定且罚款被认定为处罚性质，那么这种罚款是不合法的。因此，双方在签订合同时应明确条款性质并合理约定违约金数额，以确保合同的合法性和有效性。