核心结论：工程结算审核中若出现超过部分罚款的情况，需根据合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断其合法性与合理性，并采取针对性措施。以下分情况说明：
1. 若合同明确约定“超支罚款”条款且合法有效
- 条款效力：根据《民法典》第470条，合同可约定违约责任形式（如罚款）。若双方自愿签署且条款不违反法律强制性规定（如不构成显失公平、不违反公序良俗），则该条款有效。
- 处理方式：
- 核对计算依据：要求审核方提供超支部分的详细计算明细（如工程量偏差、单价调整依据等），确认罚款金额是否与合同约定一致。
- 协商调整：若超支因设计变更、不可抗力等非承包方原因导致，可依据《民法典》第533条主张情势变更，要求调整或免除罚款。
- 支付义务：若超支确属承包方责任（如施工浪费、质量不达标返工），且合同条款合法，则需按约定支付罚款，但罚款总额不得超过实际损失的30%（参考《民法典》第585条违约金过高调整规则）。
2. 若合同未约定“超支罚款”或条款无效
- 无约定情形：根据《民法典》第510条，合同未约定违约责任时，受损方可主张实际损失赔偿（如额外审核费用、工期延误损失等），但无权直接要求“罚款”。
- 条款无效情形：若罚款条款存在以下问题，可主张其无效：
- 显失公平：如罚款金额远高于实际损失（例如超支1%却罚款10%）；
- 格式条款无效：若条款为发包方单方制定且未履行提示说明义务（《民法典》第496条）；
- 违反强制性规定：如罚款涉及行政处罚范畴（仅行政机关有权实施）。
- 处理方式：拒绝支付不合理罚款，并可要求审核方通过协商或诉讼解决争议，同时保留反诉其违约的权利。
3. 若审核过程存在程序瑕疵
- 常见瑕疵：如审核方未按合同约定程序审核（如未共同计量、未签字确认）、超期审核导致证据灭失等。
- 处理方式：依据《建设工程价款结算暂行办法》第14条，主张审核程序违法，要求重新审核或委托第三方机构复核。若因审核方过错导致损失，可追究其赔偿责任。
行动建议
- 立即审查合同：重点查看“结算条款”“违约责任”部分，确认罚款依据及计算方式。
- 固定证据：保存审核报告、施工记录、变更签证等材料，证明超支原因及责任归属。
- 协商优先：与发包方或审核方沟通，争取通过补充协议调整罚款金额或分期支付。
- 法律途径：若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，主张条款无效或调整罚款金额。
提示：工程结算纠纷涉及技术性与法律性双重问题，建议结合具体合同条款及证据材料进一步分析。如有疑问，可直接向我提供合同文本及审核报告关键页，我将为您定制解决方案。