在工程超工期结算时，应首先明确超工期的原因及责任归属，进而根据相关法律法规和合同约定采取相应的处理措施。

一. 超工期原因及责任归属

1. 承包人原因：若超工期是由于承包人管理不善、施工效率低下或技术不过关等自身原因造成的，承包人应承担相应的违约责任，包括支付违约金或赔偿因此给发包人造成的损失。

   • 例如，承包人因施工组织不当导致工期延误，就应承担相应的责任。

2. 发包人原因：若超工期是由于发包人未及时提供施工条件、未按约定支付工程进度款、设计变更或材料供应不及时等外部因素造成的，发包人应承担相应的责任，并与承包人协商调整工期或赔偿因此产生的额外费用。

   • 例如，发包人未按时提供施工图纸，导致承包人无法按计划施工，进而造成工期延误，此时发包人应承担相应责任。

3. 不可抗力因素：若超工期是由于不可抗力因素，如自然灾害、政府行为等导致的，双方应根据合同约定和实际情况，协商处理工期和费用问题。

二. 处理措施

1. 明确责任后协商：在明确超工期的原因及责任归属后，双方应首先进行友好协商，就工期调整、费用补偿等问题达成一致意见。

2. 依据合同约定处理：若合同中有关于超工期处理的明确条款，双方应按照合同约定执行。例如，合同中可能规定了超工期的违约金计算方式、赔偿责任等。

3. 法律途径解决纠纷：若协商无果，双方可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求对方承担相应责任并赔偿损失。在诉讼或仲裁过程中，双方应提供充分的证据支持自己的主张。

我建议：在处理工程超工期结算问题时，双方应保持冷静、理性沟通，并依据相关法律法规和合同约定进行处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。