针对建在耕地上的违法建筑，主要由自然资源部门（原国土资源部门）负责管理。以下是从不同角度的详细分析：

1. 管理部门的确定：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，自然资源部门是负责土地管理和监督的主要部门。这包括了对耕地的保护、使用情况的监督，以及对违法占用耕地行为的查处。
   • 当发现建在耕地上的违法建筑时，自然资源部门有权进行调查、认定，并依法采取相应的处罚措施，如责令限期拆除、恢复土地原状，并可能处以罚款。

2. 违法建筑的认定与处理：

   • 违法建筑通常指的是未经批准或违反批准内容建设的建筑物。在耕地上建设违法建筑，不仅违反了土地管理法规，还可能对耕地资源造成破坏。
   • 自然资源部门在认定违法建筑后，会依法发出整改通知或处罚决定。如果建筑所有者不履行整改义务，自然资源部门可以申请人民法院强制执行。

3. 其他相关部门的协作：

   • 虽然自然资源部门是主要的管理部门，但在处理违法建筑时，也可能需要其他部门的协作。例如，如果违法建筑涉及城乡规划问题，城乡规划部门也可能参与调查和处理。
   • 在某些情况下，如果违法建筑的建设行为涉嫌犯罪（如非法占用农用地罪），公安机关也会介入调查，并依法追究刑事责任。

4. 法律后果与预防：

   • 建在耕地上的违法建筑将面临被拆除、罚款等法律后果。这不仅会给建筑所有者带来经济损失，还可能影响其信用记录。
   • 为了避免类似问题的发生，建议在建设前充分了解土地性质和规划要求，确保建设行为符合法律法规的规定。如果确实需要在耕地上进行建设，应依法办理相关审批手续。

建议：如果您发现或拥有建在耕地上的违法建筑，建议尽快与自然资源部门联系，了解具体的整改要求和处罚措施。同时，也可以咨询专业律师（如我，李永律师，专注于婚姻家庭、刑事辩护、交通事故、经济纠纷、合同纠纷、劳动纠纷、房产纠纷领域），以获取更详细的法律建议和帮助。