在城市规划范围内，耕地的违建一般由县级以上人民政府土地行政主管部门（通常是自然资源部门）负责查处。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与查处主体
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，对于违反土地管理法律、法规的行为，包括未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地进行建设的行为，由县级以上人民政府土地行政主管部门（现多已整合为自然资源部门）负责查处。这一规定明确了在城市规划范围内，如果耕地被非法占用进行建设，即构成违建，其查处主体应为县级以上人民政府的自然资源部门。
查处流程与措施
调查取证：自然资源部门在接到举报或发现违建线索后，会进行调查取证，包括现场勘查、询问当事人、收集相关证据等，以确认违建的事实和性质。
责令停止建设：一旦确认违建，自然资源部门会责令当事人立即停止建设行为，并限期自行拆除违建部分或恢复土地原状。
行政处罚：如果当事人未在规定期限内自行拆除或恢复，自然资源部门可以依法作出行政处罚决定，包括罚款、没收违法所得等，并可以申请人民法院强制执行。
强制执行：在当事人拒不履行行政处罚决定的情况下，自然资源部门可以依法申请人民法院强制执行，由法院组织力量对违建进行拆除或恢复土地原状。
特殊情况与注意事项
规划调整与违建认定：在城市规划调整过程中，如果原本合法的建设因规划调整而变为违建，这种情况下的查处需要更加谨慎。自然资源部门在查处前应充分了解规划调整的背景和原因，确保查处的合法性和合理性。
历史遗留问题：对于一些历史遗留的违建问题，如因历史原因形成的无证建筑或超标建筑等，自然资源部门在查处时应考虑其历史背景和实际情况，采取更加灵活和人性化的处理方式。
多部门协作：在查处违建过程中，自然资源部门可能需要与城市规划、建设、城管等多个部门进行协作和配合。各部门应明确职责分工，形成合力，共同打击违建行为。
建议：如果您发现城市规划范围内有耕地被非法占用进行建设的情况，可以向当地的自然资源部门进行举报或投诉。同时，如果您自己涉及违建问题或面临查处风险，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。有问题可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细的法律建议。