针对您提出的“在耕地上违规建设农民自建房归哪个部门处罚”的问题，结论如下：

对农村村民这一特定主体实施非法占用耕地建住宅这一特定行为的，应由农业农村部门处理。非这一特定主体和非建住宅的其他非法占地行为，由自然资源部门处理。

以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《土地管理法》第七十五条，违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房等破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款。
   • 第七十八条进一步明确，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

2. 职责划分：

   • 自然资源主管部门主要负责非农村村民和非建住宅的其他非法占地行为的查处。
   • 农业农村主管部门则专门负责农村村民非法占用耕地建住宅的查处工作。

3. 实际执行：

   • 在实际执法中，对于农村村民在耕地上违规建设住宅的行为，农业农村部门将依据《土地管理法》的相关规定进行查处，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑等。
   • 而对于其他主体或非建住宅的非法占地行为，则由自然资源部门进行查处。

综上所述，对于在耕地上违规建设农民自建房的行为，应根据行为主体的不同和行为的性质，分别由农业农村部门或自然资源部门进行处罚。如有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。