针对农民在耕地上建住宅并破坏耕地的行为，这确实是一个严重的违法问题，需要依据相关法律法规进行严肃处理。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
主要依据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城乡规划法》以及《中华人民共和国刑法》等相关法律法规。这些法律明确规定了土地的使用性质和保护要求，禁止未经批准在耕地上建房等非农建设活动。
二、处罚措施
责令限期拆除：
- 对于在耕地上新建的建筑物和其他设施，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令限期拆除，以恢复土地的原状。
- 如果逾期不拆除，相关部门将依法强制拆除。
罚款：
- 对非法占用耕地的单位或个人，可以并处以罚款。
- 罚款的金额通常按照每平方米一定的标准计算（如100元至1000元不等），但具体数额需根据当地实际情况和法律规定确定。
没收违法所得：
- 如果非法占地建房行为产生了违法所得，相关部门有权予以没收。
刑事责任追究：
- 若非法占用耕地数量较大或造成耕地大量毁坏，可能构成犯罪，需依法追究刑事责任。
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条的规定，非法占用农用地罪可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
三、定罪标准（针对刑事责任）
- 非法占用：指未经法定程序审批、登记、核发证书、确认土地使用权而占用耕地，或采取欺骗手段骗取批准后占用耕地。
- 改变土地用途：将耕地转为非耕地用途，如建设永久性建筑物、挖沙、采石、采矿、取土等。在耕地上建造住宅也属于此类。
- 数量较大及大量毁坏的认定：
- 非法占用基本农田五亩以上或非法占用基本农田以外的耕地十亩以上，可视为“数量较大”。
- 造成耕地大量毁坏则指因人为因素导致耕地种植条件严重破坏或污染，无法再进行正常农业生产。
四、处罚流程
- 立案调查：相关部门接到举报或发现违法行为后，会进行立案调查，收集证据材料。
- 告知听证权利：在作出行政处罚决定前，会告知当事人拟作出的处罚内容及事实、理由、依据，并告知其享有陈述、申辩和要求听证的权利。
- 作出处罚决定：根据调查结果和相关法律法规，作出行政处罚决定，包括责令限期拆除、罚款等措施。
- 执行与监督：当事人应在规定期限内履行处罚决定。逾期不履行的，相关部门将依法强制执行，并进行后续监督以确保土地恢复原状。
五、特殊情形处理
- 历史遗留问题：对于因历史原因形成的农村乱占耕地建房问题，需结合实际情况妥善处理，既要保障农民合理的住房需求，又要坚决遏制新增违法乱象。
- 符合规划情况：若占用耕地建房符合国土空间规划且确有必要保留的，可依法依规完善用地手续，但需严格审批并补缴相关费用。
六、建议
对于农民而言，应严格遵守土地管理法律法规，不要在耕地上建房或进行其他非农建设活动。如果确实需要建房，应依法申请用地审批，并按照规定的用途使用土地。同时，政府也应加强宣传教育力度，提高农民的法律意识，共同保护好宝贵的耕地资源。