在农用地上建宅基地的处罚主体及措施，主要依据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，具体如下：

1. 主要处罚主体及措施：

   • 县级以上人民政府农业农村主管部门：根据《土地管理法》第七十八条，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地（包括农用地）建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。这是针对宅基地违法行为的直接和主要处罚措施。

2. 协同管理部门及措施：

   • 自然资源主管部门：虽然农业农村部门是主要的执法主体，但自然资源主管部门也承担着重要的协同管理职责。特别是对于涉及违反土地利用总体规划、占用农用地特别是耕地等违法宅基地建设行为，自然资源主管部门有权进行查处，并依法作出相应的处罚决定，如责令退还非法占用的土地，限期拆除新建建筑物等。
   • 乡（镇）人民政府：在日常管理中，乡（镇）人民政府对本辖区内的宅基地使用情况负有监督管理责任。发现违法建设行为时，可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以组织拆除。乡（镇）政府凭借其贴近基层、反应迅速的优势，在及时发现和制止正在进行的违法建设行为方面发挥着重要作用。

3. 可能的法律后果：

   • 除了上述的责令退还土地、限期拆除房屋等处罚外，如果违规建房行为导致宅基地使用不符合相关规定，损害了公共利益或违反了宅基地分配原则，农村集体经济组织还有权依法收回宅基地使用权。
   • 若违规建房行为涉及其他违法行为或造成严重后果，如导致他人人身伤害或财产损失，建房者不仅需承担民事赔偿责任，还可能面临相应的行政责任，甚至刑事责任。

建议与警示：

• 在农用地上建宅基地是违法的，不仅可能面临严厉的行政处罚，还可能承担民事甚至刑事责任。因此，务必在建房前深入了解当地的法律法规和政策要求，确保建房行为完全符合相关规定。
• 如果已经存在在农用地上建宅基地的情况，建议尽快与相关部门沟通，了解具体的处罚措施和整改要求，并积极配合整改，以避免更严重的法律后果。

总结：在农用地上建宅基地的处罚主体主要是县级以上人民政府农业农村主管部门，同时自然资源主管部门和乡（镇）人民政府也承担相应的协同管理和协助执法职责。处罚措施包括责令退还非法占用的土地、限期拆除新建房屋等，并可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。因此，务必遵守相关法律法规，确保建房行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。