耕地违法建设猪圈的管理部门主要涉及乡（镇）人民政府、县级自然资源部门以及县级农业农村部门，具体职责如下：

1. 乡（镇）人民政府：

   • 主要职责：在农村违规建筑管理中，乡（镇）人民政府扮演着重要角色，负责乡村规划的组织实施和监督管理工作。对于耕地上的违法建设，如猪圈，若其违反了乡村规划或未取得相应的建设许可，乡（镇）人民政府有权进行查处。
   • 具体行动：乡（镇）人民政府可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以组织拆除违规建筑。这一过程中，乡（镇）人民政府会依据相关法律法规，如《中华人民共和国城乡规划法》等，进行调查核实、作出处理决定及组织实施拆除等工作。

2. 县级自然资源部门：

   • 主要职责：县级自然资源部门负责土地资源和城乡规划管理，对农村违规建筑中涉及违反土地利用总体规划、非法占用农用地等行为进行查处。耕地属于农用地范畴，因此，在耕地上违法建设猪圈，若涉及非法占用农用地，县级自然资源部门将有权进行查处。
   • 法律依据：依据《中华人民共和国土地管理法》等法规，县级自然资源部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查，并有权责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占地上新建的建筑物和其他设施。

3. 县级农业农村部门：

   • 主要职责：虽然县级农业农村部门主要专注于农村宅基地管理，但在某些情况下，若耕地上的违法建设猪圈与农村土地利用、农业生产经营等密切相关，县级农业农村部门也可能根据相关规定进行监督和查处。不过，这一职责相对较为间接，更多时候是在涉及农业用地保护、农业生产经营秩序维护等方面发挥作用。
   • 特殊情况：如果猪圈的建设涉及到了农村土地承包经营权的变更或者侵犯了其他农民的合法权益，县级农业农村部门也可能会根据相关法律法规进行调解或处理。

综合建议：

• 若您发现耕地上有违法建设猪圈的情况，首先可以向当地乡（镇）人民政府反映，由其进行初步调查和认定，并根据情况作出处理决定。
• 同时，您也可以向县级自然资源部门举报，由其进行土地利用方面的调查和查处。
• 若涉及农业用地保护或农业生产经营秩序维护等问题，您还可以考虑向县级农业农村部门寻求协助。

后续行动提示：

• 在举报或反映问题时，请尽量提供详细的违法建设地点、建设时间、建设规模等信息，以便相关部门能够迅速准确地进行调查和处理。
• 各部门在处理此类问题时，应严格遵循法律法规，确保执法行为的合法性和公正性。若您对处理结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。