结论：国企基层因上级公司检查停止休假是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合法律法规中关于休假权的规定以及劳动合同或公司规章制度的约定。

分析如下：

1. 法律法规层面：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利。这包括法定节假日、年休假、探亲假、婚丧假、产假等。
   • 如果上级公司检查导致基层员工休假被取消，且这种取消并非基于法律法规允许的例外情况（如紧急任务、不可抗力等），则可能构成对劳动者休假权的侵犯。

2. 劳动合同与公司规章制度层面：

   • 劳动合同或公司规章制度中可能明确规定了员工的休假安排及取消休假的条件。如果合同或制度中明确规定了因上级检查可以取消休假，且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么从合同或制度的角度来看，取消休假可能是合法的。
   • 然而，如果合同或制度中没有明确规定，或者规定与法律法规相冲突，那么取消休假就可能缺乏合法依据。

3. 实际操作与合理性层面：

   • 即使合同或制度中规定了因上级检查可以取消休假，也需要考虑这种取消是否合理。例如，如果检查是常规性的、可预见的，且对员工休假的影响不大，那么取消休假可能相对合理。
   • 但如果检查是突发性的、对员工休假造成重大影响，且没有给予员工合理的补偿或调休安排，那么取消休假就可能显得不合理，甚至可能构成对劳动者权益的侵犯。

建议：

• 对于员工：如果认为自己的休假权被侵犯，可以先与公司沟通协商，了解取消休假的原因和依据。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司：在取消员工休假时，应确保符合法律法规和劳动合同、公司规章制度的规定。同时，应尽量考虑员工的合理诉求，给予适当的补偿或调休安排，以维护良好的劳动关系。

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