结论：新单位已经将原单位工龄合并计算，退休时不给算原单位工龄，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下是不合法的，但也可能存在特殊情况。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动者在原单位的工作年限（工龄）是其劳动权益的重要组成部分，应当得到保护。当劳动者转移到新单位时，如果新单位同意合并计算工龄，这通常意味着新单位承认了劳动者在原单位的工作年限，并愿意将其纳入自己的工龄计算体系中。
- 在退休时，工龄是计算养老金等福利待遇的重要依据。如果新单位在退休时拒绝承认原单位的工龄，这可能违反了劳动合同法的相关规定，损害了劳动者的合法权益。
实际操作：
- 在实际操作中，如果新单位在入职时已经明确表示将合并计算原单位的工龄，并在劳动合同或相关协议中进行了约定，那么在退休时，新单位应当按照约定来计算工龄，并据此发放养老金等福利待遇。
- 如果新单位在退休时突然改变主意，拒绝承认原单位的工龄，劳动者可以通过法律途径来维护自己的权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
二、可能存在的特殊情况
合同变更或解除：
- 如果在新单位工作期间，劳动合同发生了变更或解除，且变更或解除的内容涉及到了工龄的计算问题，那么退休时工龄的计算可能会受到影响。例如，如果双方协商一致解除了劳动合同，并约定了工龄的计算方式，那么退休时应当按照约定来计算。
政策变化或特殊规定：
- 在某些特殊情况下，政府可能会出台相关政策或规定，对工龄的计算方式进行临时调整或特殊规定。如果这种情况发生在劳动者退休之前，且新单位按照政策或规定进行了调整，那么退休时工龄的计算可能会受到影响。但这种情况相对较少见，且通常会有明确的政策依据和解释。
劳动者自身原因：
- 如果劳动者在新单位工作期间存在严重违反规章制度、失职渎职等行为，导致新单位有权解除劳动合同，并且解除劳动合同的原因与工龄计算有关（如因劳动者过错导致工龄无法连续计算），那么退休时工龄的计算也可能会受到影响。但这种情况需要新单位提供充分的证据来证明劳动者的过错行为与工龄计算之间的关联性。
建议：如果您遇到了新单位在退休时不给算原单位工龄的情况，建议您首先查阅与新单位签订的劳动合同或相关协议，了解其中关于工龄计算的约定。如果合同或协议中有明确约定，且新单位违反了约定，您可以通过法律途径来维护自己的权益。如果合同或协议中没有明确约定，或者约定不明确，您可以咨询当地劳动争议仲裁委员会或人民法院，了解具体的法律规定和操作流程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。