不同工时制下的加班工资确实存在区别，这主要取决于工时制度的具体规定以及加班的时间段。以下是对不同工时制下加班工资区别的详细解释：
一、标准工时制下的加班工资
标准工时制是指劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十小时的工时制度。在此制度下，加班工资的计算方式如下：
工作日加班：
- 支付标准：不低于劳动合同规定的小时工资标准的150%。
- 计算方式：\(加班工资 = 月工资收入 \div（月计薪天数 \times 8小时）\times 加班小时数 \times 150\%\)。
- 示例：若员工月工资为6000元，某工作日加班3小时，则加班工资约为155.17元。
休息日加班且不能安排补休：
- 支付标准：不低于劳动合同规定的日或小时工资标准的200%。
- 计算方式：\(加班工资 = 月工资收入 \div 月计薪天数 \times 加班天数 \times 200\%\)。
- 示例：若员工月工资为5000元，在某个休息日加班1天且未补休，则加班工资约为459.77元。
法定休假日加班：
- 支付标准：不低于劳动合同规定的日或小时工资标准的300%。
- 计算方式：\(加班工资 = 月工资收入 \div 月计薪天数 \times 加班天数 \times 300\%\)。
- 示例：若员工月工资为8000元，在国庆节加班2天，则加班工资约为2206.90元。
二、综合计算工时工作制下的加班工资
综合计算工时工作制适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制而需连续作业的情况，以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间。此制度下加班工资的计算方式如下：
周期内总工作时间未超过法定标准：
- 若劳动者的总实际工作时间不超过总法定标准工作时间，则不属于加班，用人单位无需支付加班工资。
周期内总工作时间超过法定标准：
- 若综合计算周期内的总实际工作时间超出法定标准，超出部分视为延长工作时间，用人单位需按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。计算方式与标准工时制下的工作日加班相同。
法定休假日加班：
- 用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，同样需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。计算方式与标准工时制下的法定休假日加班相同。
三、不定时工作制下的加班工资
不定时工作制适用于因企业生产特点、工作特殊需要或职责范围关系而无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工。一般情况下，实行不定时工作制的劳动者不执行加班工资的规定。然而，在法定休假日安排实行不定时工作制的劳动者工作时，用人单位仍需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。具体执行时需参照当地法律法规，因为部分地区可能有特别规定。
四、其他特殊情况下的加班工资
计件工资制：
- 在完成计件定额任务后，用人单位安排延长工作时间的，应根据上述原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。
最低工资保障：
- 在确定加班工资的计算基数时，劳动合同对工资有明确约定的，按不低于劳动者所在岗位相对应的工资标准确定；劳动合同没有约定的，可由用人单位与员工代表通过集体协商在劳动合同中明确；用人单位与劳动者无约定的，按劳动者本人所在岗位正常出勤的月工资的70%确定，但不得低于当地最低工资标准。
总结与建议：
不同工时制度下加班工资的计算方式各有差异，且均需严格遵守国家相关法律法规。用人单位应确保正确计算并按时支付加班工资，以保障劳动者的合法权益。同时，劳动者也应了解自身权益，如遇加班工资计算不当或拖欠情况，可依法维护自身权益。如果您有具体的加班工资计算问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。