公司让你在离职申请上写不能胜任工作，通常可能是出于以下几个方面的考虑：

1. 避免支付经济补偿金：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，如果员工因不能胜任工作而离职，且公司已经按照法定程序进行了调岗或培训后员工仍不能胜任的，公司解除劳动合同可能不需要支付经济补偿金（但需注意，实际操作中需严格遵循法定程序，否则仍可能面临支付经济补偿金的风险）。公司可能希望通过这种方式来减少经济支出。
   • 法律背景：根据《劳动合同法》第四十条第二项，劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。但此情况下，若公司未提前三十日通知或未支付一个月工资作为代通知金，且未依法支付经济补偿金（在符合支付条件时），则可能构成违法解除。

2. 简化离职流程：

   • 如果员工主动提出因不能胜任工作而离职，公司可能认为这样可以简化离职流程，减少双方之间的争议和纠纷。毕竟，如果是公司提出解除劳动合同，可能会引发员工的异议和可能的法律诉讼。
   • 法律建议：然而，即使员工在离职申请上写了不能胜任工作，公司仍需确保这一表述的真实性和合法性。如果员工实际上并非不能胜任工作，或者公司未能提供充分的证据证明员工不能胜任工作，那么这一表述可能不会被劳动仲裁机构或法院采纳。

3. 规避法律责任：

   • 在某些情况下，公司可能试图通过让员工在离职申请上写不能胜任工作来规避可能的法律责任。例如，如果员工离职后提出工伤赔偿或其他劳动争议，公司可能希望利用这一表述来证明员工的离职是其自身原因造成的，与公司无关。
   • 法律后果：但这种做法是有风险的。如果员工能够提供证据证明其离职并非出于不能胜任工作的原因，或者公司未能按照法定程序处理员工的离职事宜，那么公司可能仍然需要承担相应的法律责任。

针对你的情况，我有以下几点建议：

• 谨慎填写离职申请：在填写离职申请时，务必谨慎考虑并明确离职的真实原因。如果并非因为不能胜任工作而离职，不要轻易在离职申请上写这一表述。
• 保留相关证据：无论离职原因如何，都建议保留与工作相关的证据，如工作记录、培训记录、绩效评估等。这些证据可能在未来的劳动争议中起到关键作用。
• 咨询专业律师：如果你对离职申请上的表述或公司的做法有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师。我可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。

最后，需要强调的是，每个劳动争议案件都有其独特的事实和法律背景。因此，在处理类似问题时，务必根据具体情况进行具体分析，并遵循相关法律法规的规定。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。