关于发动机进水导致损坏保险公司是否赔偿的问题，这确实是一个需要综合考虑多方面因素的情况。以下是我为您详细解析的内容：
一、保险险种与赔偿关系
首先，我们需要明确您投保的具体险种。交强险主要是赔付因交通事故造成的第三方损失，对于车辆自身的损坏，包括发动机进水，是不予赔偿的。而车损险则负责赔偿被保险车辆因自然灾害或意外事故造成的直接损失。
旧版车损险情况：在2020年车险改革之前，车损险通常不包括发动机涉水行驶导致的损坏，除非您额外购买了涉水险。
新版车损险情况：自2020年9月19日车险综合改革后，涉水险已被并入车损险中。因此，如果您现在购买的车损险，通常已经包含了对车辆因涉水行驶导致发动机损坏的赔偿。
二、不同情形下的赔偿分析
车辆停放时被淹：无论您是否投保了发动机涉水险（在旧版车损险下），只要您投保了车损险，保险公司通常会依据车损险对车辆包括发动机在内的整体损失进行理赔。
车辆行驶过程中发动机进水：
发动机进水后二次启动导致的损坏：这是一个关键点。即使您投保了发动机涉水险，如果因发动机进水后您二次启动了车辆，造成了进一步的损坏，保险公司通常是免责的。因为这被视为人为扩大损失的行为。
三、建议与注意事项
及时通知保险公司：一旦车辆发动机进水，您应尽快联系保险公司，并按照保险公司的指引进行处理和索赔。延迟通知可能会影响保险公司的核定和赔偿。
仔细查看保险合同条款：了解您的保险合同内容，特别是关于赔偿范围、免责条款等关键信息。这有助于您在需要时正确维护自己的权益。
遵循保险公司指引：在处理事故和索赔过程中，务必遵循保险公司的指引和要求。这包括提供必要的文件、配合调查等，以确保您能够顺利获得赔偿。
综上所述，发动机进水导致损坏保险公司是否赔偿，取决于您投保的险种、事故发生的具体情况以及您的后续操作。因此，我建议您在购买保险时充分了解保险条款和内容，并在发生事故后及时、正确地处理与索赔。如果您对保险条款有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询保险公司或专业人士。