结论：车辆因水灾进水，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于是否购买了车损险及发动机特别损失险（涉水险），以及事故的具体原因。以下是详细分析：

1. 购买了车损险，但未购买涉水险

• 赔偿范围：车损险通常覆盖因自然灾害（如暴雨、洪水）导致的车辆直接损失，例如车内进水导致的内饰、电路损坏等。
• 不赔情况：若车辆在涉水行驶过程中因发动机进水导致损坏，车损险一般不赔发动机损失，除非额外购买涉水险。
• 例外：若车辆静止停放时被水淹（如地下车库进水），车损险通常可全额赔偿，包括发动机损失。

2. 购买了车损险+涉水险

• 赔偿范围：涉水险是车损险的附加险，专门保障发动机因进水导致的损坏。例如：
  • 车辆在行驶中因积水导致发动机熄火、损坏；
  • 车辆停放时被水淹，发动机进水。
• 注意：涉水险通常有免赔条款（如二次启动发动机导致损坏不赔），需仔细阅读保险合同。

3. 未购买车损险

• 不赔：若仅购买了交强险或第三者责任险，车辆因水灾进水导致的自身损失不在赔偿范围内。

4. 其他关键因素

• 免责条款：保险公司可能因以下情况拒赔：
  • 车辆未按时年检；
  • 驾驶员无证驾驶或酒驾；
  • 故意驶入积水路段导致损失。
• 报案时效：发生水灾后需48小时内向保险公司报案，否则可能影响理赔。
• 定损流程：需配合保险公司定损，保留现场照片、视频等证据。

建议行动

1. 立即报案：联系保险公司说明情况，按指引操作；
2. 勿二次启动：若车辆进水熄火，切勿强行启动发动机，否则可能扩大损失；
3. 保留证据：拍摄车辆受损照片、视频，记录水灾时间、地点；
4. 审核合同：仔细阅读保险条款，确认是否覆盖涉水损失。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细解答。