结论：车辆不明原因进水且查不出原因时，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险合同条款及进水原因是否属于保险责任范围。以下是具体分析：

1. 若投保了“车损险”且进水原因属于保险责任

• 保险责任范围：根据《机动车商业保险示范条款（2020版）》，车损险的保险责任包括“因暴雨、洪水等自然灾害造成的车辆损失”。若车辆进水与暴雨、洪水等明确原因相关（即使未直接查清具体进水点），保险公司通常需赔偿。
• 例外情形：若进水是因驾驶人故意行为（如涉水行驶导致发动机进水后二次启动）、车辆未年检或存在其他免责条款约定的事由，保险公司可能拒赔。

2. 若进水原因不属于保险责任或存在免责事由

• 免责条款：保险合同中可能约定“不明原因的损失”或“非自然灾害导致的进水”为免责范围。例如，车辆因停放时门窗未关好导致雨水进入，或因车辆自身故障（如密封条老化）进水，可能被认定为“非保险事故”。
• 举证责任：若保险公司主张免责，需证明进水原因属于合同约定的免责情形。若无法证明，则仍需承担赔偿责任。

3. 查不出原因时的处理原则

• 举证分配：根据《保险法》第二十二条，投保人/被保险人需提供与确认保险事故性质、原因、损失程度等有关的证明和资料。若因客观原因无法查清原因（如车辆长期停放后发现进水），保险公司应结合现场勘查、气象数据等综合判断是否属于保险责任。
• 协商与鉴定：若双方对原因存在争议，可共同委托第三方机构进行鉴定，或通过诉讼由法院认定责任。

4. 实务建议

• 及时报案：发现车辆进水后，应立即联系保险公司并保留现场照片、视频等证据。
• 核对条款：仔细阅读保险合同中“保险责任”和“责任免除”条款，明确自身权益。
• 协商或诉讼：若保险公司拒赔，可先协商解决；协商不成，可通过诉讼或仲裁维护权益。

总结：保险公司是否赔偿需结合进水原因、保险条款及举证情况综合判断。若您遇到此类问题，可直接向我提供保险合同、报案记录等材料，我将进一步为您分析。