关于发动机涉水后导致损毁保险公司是否赔偿的问题，这主要取决于您投保的险种、事故发生的具体情况以及您的后续操作。以下是对此问题的详细解析：

一、保险险种与赔偿关系

1. 交强险：

   • 交强险主要关注的是因交通事故造成的第三方人身伤害和财产损失，对于车辆自身的损坏，包括发动机涉水导致的损毁，是不予赔偿的。

2. 车损险：

   • 车损险是赔偿被保险车辆因自然灾害或意外事故造成的直接损失的主要险种。
   • 在2020年车险改革后，涉水险已被并入车损险中。因此，如果您现在购买的车损险，通常已经包含了因涉水行驶导致发动机损坏的赔偿。

二、不同情形下的赔偿分析

1. 车辆停放时被淹：

   • 在这种情况下，无论您是否投保了额外的涉水险，只要您投保了车损险，保险公司通常会依据车损险对车辆包括发动机在内的整体损失进行理赔。

2. 车辆行驶过程中发动机进水：

   • 如果您仅投保了车损险（在车险改革前且未单独投保涉水险），保险公司通常不负责赔偿发动机因进水导致的损坏。
   • 但如果您投保了包含涉水险的车损险（无论是车险改革后还是已单独投保涉水险），保险公司会对发动机因涉水行驶导致的损坏进行赔偿。不过，这里有一个重要的前提，即发动机进水后您不能进行二次启动，否则保险公司可能会免责，因为这被视为人为扩大损失的行为。

三、事故处理与索赔建议

1. 及时通知保险公司：

   • 一旦车辆发动机进水，您应尽快联系保险公司，并按照他们的指引进行处理和索赔。延迟通知可能会导致保险公司无法准确核定损失情况，从而影响您的赔偿。

2. 仔细查看保险合同条款：

   • 在购买保险时，您应详细了解保险合同的内容，特别是关于赔偿范围、免责条款等关键信息。这有助于您在发生事故时明确自己的权益和责任。

3. 遵循保险公司指引：

   • 在处理事故和索赔过程中，您应严格遵循保险公司的指引和要求。这包括提供必要的证明文件、配合保险公司的调查等，以确保您能够顺利获得赔偿。

综上所述，发动机涉水后导致损毁保险公司是否赔偿，主要取决于您投保的险种、事故发生的具体情况以及您的后续操作。因此，我建议您在购买保险时充分了解保险条款和内容，并在发生事故后及时、正确地处理与索赔。