结论：车辆涉水时因自动启停功能导致发动机损坏，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于是否购买车损险及涉水险（或发动机特别损失险）、是否二次启动发动机、保险条款具体约定等因素。具体分析如下：

1. 若购买车损险及涉水险（或发动机特别损失险），且未二次启动发动机
   根据保险条款，涉水险通常覆盖车辆在积水路面涉水行驶或被水淹后导致的发动机损坏。若车辆涉水时自动启停功能触发导致发动机进水损坏，且车主未在水中二次启动发动机（如熄火后再次点火），保险公司一般应承担赔偿责任。但需注意：部分保险公司可能将“自动启停功能导致的损坏”列为免责条款，需仔细核查保单约定。

2. 若购买车损险但未购买涉水险，或涉水后二次启动发动机

   • 未购买涉水险：车损险通常不覆盖发动机进水导致的损坏（除非因暴雨等自然灾害导致车辆被淹，且发动机未因人为操作损坏）。
     
   • 二次启动发动机：无论是否购买涉水险，若车主在发动机进水后强行二次启动（如涉水时熄火后再次点火），保险公司通常将此行为视为“人为扩大损失”，从而拒绝赔偿。此时，车主需自行承担发动机维修费用。

3. 保险条款存在争议或免责条款未明确告知
   若保险公司以“自动启停功能属于免责范围”为由拒赔，但保单中未明确约定该情形，或保险公司未在投保时向车主充分提示说明免责条款，车主可依据《保险法》第十七条主张免责条款不生效，要求保险公司承担赔偿责任。

建议：

• 立即联系保险公司报案，并保留现场照片、视频等证据；
  
• 勿擅自启动车辆，避免二次损坏；
  
• 仔细核查保单条款，尤其是涉水险的保障范围及免责条款；
  
• 若对理赔结果有异议，可向当地银保监会投诉或通过诉讼解决。
  

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