关于因发动机进水导致发动机直接损毁的保险公司是否理赔的问题，这主要取决于您所投保的险种、事故发生的具体情况以及您的后续操作。以下是对此问题的详细解析：

一、保险险种与赔偿关系

1. 交强险：

   • 交强险主要关注的是因交通事故造成的第三方人身伤害和财产损失，对于车辆自身的损坏，特别是发动机进水导致的损毁，是不在赔偿范围内的。

2. 车损险：

   • 车损险是赔偿被保险车辆因自然灾害或意外事故造成的直接损失的重要险种。
   • 在2020年车险改革后，涉水险已被并入车损险中。因此，如果您现在购买的车损险，通常已经包含了因涉水行驶导致发动机损坏的赔偿。
   • 但需注意，如果是在车险改革前购买的车损险，且未额外购买涉水险，那么发动机因涉水行驶导致的损坏可能不在赔偿范围内。

3. 发动机涉水险（现已并入车损险）：

   • 在车险改革前，这是一个专门针对车辆因涉水行驶导致发动机损坏的险种。
   • 现在，这一保障已融入车损险中，无需单独购买。

二、不同情形下的赔偿分析

1. 车辆停放时被淹：

   • 无论是否投保了发动机涉水险（或现在包含涉水保障的车损险），只要投保了车损险，保险公司通常会依据车损险对车辆包括发动机在内的整体损失进行理赔。

2. 车辆行驶过程中发动机进水：

   • 如果您投保了包含涉水保障的车损险（无论是车险改革后购买的还是改革前购买并额外投保了涉水险的），保险公司会对发动机因涉水行驶导致的损坏进行赔偿。
   • 但如果仅投保了车损险（未包含涉水保障，且在车险改革前购买），保险公司通常不负责赔偿发动机因进水导致的损坏。

3. 发动机进水后二次启动导致的损坏：

   • 这是一个重要的免责情形。即使您投保了包含涉水保障的车损险，如果发动机进水后您二次启动了车辆，导致损坏扩大，保险公司通常是免责的。因为这被视为人为扩大损失的行为。

三、事故处理与索赔建议

1. 及时通知保险公司：

   • 车辆发动机进水后，您应尽快联系保险公司，并按照保险公司的指引进行处理和索赔。延迟通知可能导致保险公司无法准确核定损失情况，从而影响赔偿。

2. 仔细查看保险合同条款：

   • 在投保时和发生事故后，都应仔细查看保险合同条款，特别是关于赔偿范围、免责条款等关键信息。这有助于您了解自己的权益和保险公司的责任。

3. 遵循保险公司指引：

   • 在处理事故和索赔过程中，应遵循保险公司的指引和要求。这包括提供必要的证明文件、配合保险公司的调查等。以确保您能够顺利获得赔偿。

综上所述，因发动机进水导致发动机直接损毁的保险公司是否理赔，关键在于您所投保的险种、事故发生的具体情况以及您的后续操作。因此，建议您在购买保险时充分了解保险条款和内容，并在发生事故后及时、正确地处理与索赔。