担保人确实有可能起诉债权人，要求确认在借款到期三年以后签订的房产转让协议无效，但能否成功需视具体情况而定。以下从不同角度为你详细分析：
一、从诉讼时效角度分析
一般诉讼时效规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果担保人认为房产转让协议存在无效情形，原则上应在知道或应当知道权利受损之日起三年内提起诉讼。
诉讼时效的中断与延长：
- 如果在诉讼时效期间内，担保人曾向债权人主张过权利，或者债权人同意履行义务等，可能导致诉讼时效中断并重新计算。
- 在某些特殊情况下，如担保人因不可抗力或其他正当理由无法在诉讼时效期间内提起诉讼，法院可能根据具体情况决定延长诉讼时效。
超过诉讼时效的后果：
- 如果担保人超过诉讼时效期间提起诉讼，债权人可能会提出诉讼时效抗辩，导致担保人丧失胜诉权。但需注意，即使超过诉讼时效，法院仍会受理案件，只是担保人可能面临败诉风险。
二、从房产转让协议效力角度分析
协议无效的法定情形：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十四条、第一百四十六条、第一百五十三条、第一百五十四条等规定，如果房产转让协议存在无民事行为能力人实施的、以虚假意思表示实施的、违反法律行政法规强制性规定的、违背公序良俗的、恶意串通损害他人合法权益等情形，则协议无效。
借款到期三年后签订协议的特殊性：
- 如果房产转让协议是在借款到期三年后签订的，且担保人是在被胁迫、欺诈或重大误解等情形下签订的，担保人可以主张协议无效。
- 另外，如果债权人利用担保人处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，担保人也有权请求法院撤销该协议。但需注意，撤销权应在知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使。
三、实际操作建议
收集证据：
- 担保人应积极收集与房产转让协议相关的证据，如协议文本、签订协议时的录音录像、证人证言等，以证明协议存在无效或可撤销的情形。
咨询专业律师：
- 在提起诉讼前，担保人应咨询专业律师，对案件进行全面评估，了解诉讼风险及可能的法律后果。
及时提起诉讼：
- 如果担保人决定提起诉讼，应在诉讼时效期间内及时向法院提交起诉状及相关证据材料，以免丧失胜诉权。
举例说明：假设担保人因被债权人胁迫而在借款到期三年后签订了房产转让协议，且担保人保留了相关证据（如胁迫的录音录像、证人证言等）。在此情况下，担保人可以在诉讼时效期间内向法院提起诉讼，要求确认房产转让协议无效。如果法院认定协议确实存在无效情形，将判决确认协议无效，并可能责令债权人返还房产或赔偿担保人因此遭受的损失。
总结与建议：担保人能否起诉债权人要求确认房产转让协议无效，需根据具体情况判断。如果担保人认为协议存在无效或可撤销情形，且未超过诉讼时效期间，应及时收集证据并咨询专业律师，以便采取合适的法律措施维护自身权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。