结论：入股后非自愿离职，甲方扣钱是否合法，需根据具体情况判断，包括入股协议中的约定、扣钱的原因及合法性等。以下从不同角度进行分析：

一、入股协议中的约定

1. 有明确约定：

   • 如果入股协议中明确规定了非自愿离职时甲方可以扣除一定金额作为违约金或赔偿金，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不构成显失公平、不违反公序良俗等），则甲方扣钱的行为可能是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以在平等、自愿的基础上约定违约责任，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。

2. 无明确约定或约定违法：

   • 如果入股协议中没有明确规定非自愿离职时甲方可以扣钱，或者约定的扣钱条款违反了法律法规的强制性规定（如扣钱金额过高、扣钱理由不合法等），则甲方扣钱的行为可能是违法的。
   • 法律后果：在此情况下，甲方无权扣除乙方的钱款，乙方有权要求甲方返还被扣的钱款，并可能要求甲方承担违约责任或赔偿损失。

二、扣钱的原因及合法性

1. 合法扣钱：

   • 如果甲方扣钱是基于合法的理由，如乙方违反了入股协议中的保密义务、竞业限制义务等，且该扣钱行为与乙方的违约行为具有直接的因果关系，且扣钱金额合理，则甲方扣钱的行为可能是合法的。
   • 示例：乙方在离职后违反了竞业限制义务，导致甲方遭受了经济损失，甲方根据入股协议的约定扣除了乙方一定金额的钱款作为赔偿。

2. 非法扣钱：

   • 如果甲方扣钱没有合法的理由，或者扣钱行为与乙方的行为没有直接的因果关系，或者扣钱金额过高、不合理，则甲方扣钱的行为可能是违法的。
   • 法律后果：乙方有权要求甲方返还被扣的钱款，并可能要求甲方承担侵权责任或赔偿损失。同时，甲方还可能面临劳动监察部门的处罚。

三、实际操作建议

1. 审查入股协议：

   • 乙方应首先审查入股协议中的相关条款，了解甲方扣钱的具体依据和条件。

2. 与甲方协商：

   • 如果乙方认为甲方扣钱的行为不合法或不合理，可以与甲方进行协商，要求甲方返还被扣的钱款或调整扣钱金额。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果协商无果，乙方可以寻求法律帮助，向劳动监察部门投诉或向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

总结：入股后非自愿离职，甲方扣钱是否合法需根据入股协议中的约定、扣钱的原因及合法性等因素进行综合判断。乙方在遇到此类情况时，应首先审查入股协议，与甲方协商，并在必要时寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。