入职承诺书中擅自离职扣除所有未付工资的条款，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
法律角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 这意味着，除非有法定或约定的合理理由，否则用人单位不得克扣劳动者的工资。
擅自离职与工资扣除：
- 擅自离职（即未按照劳动合同或公司规定提前通知而离职）确实可能给用人单位带来一定的损失，但这并不构成用人单位扣除所有未付工资的合法理由。用人单位可以依据劳动合同或公司规章制度，要求劳动者承担因擅自离职造成的直接经济损失，但这需要通过合法途径进行，如通过劳动仲裁或诉讼来确认损失并要求赔偿，而不是直接扣除工资。
劳动合同与规章制度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中有关于擅自离职扣除工资的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该条款在理论上可能具有一定的约束力。然而，在实际操作中，由于扣除所有未付工资往往被视为对劳动者权益的过度侵害，因此这样的条款很可能被认定为无效或部分无效。
实际操作角度
劳动者权益保护：
- 劳动者在面对用人单位的不合理要求时，应坚决维护自己的合法权益。如果用人单位以擅自离职为由扣除所有未付工资，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资。
用人单位的风险：
- 对于用人单位而言，擅自扣除劳动者工资不仅可能面临法律制裁，还可能损害企业的声誉和形象。因此，用人单位在处理劳动者擅自离职问题时，应遵循合法、合理、公正的原则，通过协商、调解或法律途径来解决争议。
建议
对于劳动者：
- 在入职时，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权利和义务。
- 如果遇到用人单位不合理扣除工资的情况，应及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于用人单位：
- 应制定合法、合理、公正的规章制度，明确劳动者擅自离职的处理方式和责任承担。
- 在处理劳动者擅自离职问题时，应遵循法律程序，通过协商、调解或法律途径来解决争议，避免采取过激或违法的行为。
综上所述，入职承诺书中擅自离职扣除所有未付工资的条款一般是不合法的。劳动者在面对这种情况时，应坚决维护自己的合法权益；用人单位也应遵循合法、合理、公正的原则处理劳动者擅自离职问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。