劳动合同中约定扣除部分工资作为入股资金，这一做法是否合法，需分情况讨论：

1. 若员工同意且符合法定程序：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立应当遵循平等自愿、协商一致的原则。如果员工在充分了解并同意的情况下，与用人单位在劳动合同中明确约定扣除部分工资作为入股资金，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不损害国家、集体和第三人的利益，那么这种约定在法律上是有效的。但需要注意的是，这种约定必须建立在双方平等自愿、协商一致的基础上，且用人单位应当确保扣除工资后的员工工资不低于当地最低工资标准。
   • 建议：尽管这种约定在法律上可能有效，但用人单位应谨慎操作，确保员工的知情权、同意权得到充分保障，并避免因此引发劳动争议。同时，建议用人单位与员工签订书面的入股协议，明确双方的权利和义务，包括入股资金的来源、数额、用途、股权比例、分红方式等，以避免未来可能出现的纠纷。

2. 若员工不同意或约定违反法定程序：

   • 违法性分析：如果用人单位未经员工同意，单方面在劳动合同中约定扣除部分工资作为入股资金，或者该约定违反了法律、行政法规的强制性规定（如扣除工资后员工工资低于当地最低工资标准），那么这种约定是无效的。用人单位不得以此为由扣除员工的工资，否则将面临劳动行政部门的处罚，并可能需要向员工支付赔偿金。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位违反法律规定扣除劳动者工资的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
   • 建议：用人单位应严格遵守法律法规，不得未经员工同意擅自扣除工资。如果用人单位希望员工入股，应当通过合法、合规的方式与员工进行协商，并签订书面的入股协议。

额外提醒：

• 在处理此类问题时，用人单位和员工都应保持谨慎和理性，避免因一时冲动而做出违法的行为。
• 如果双方对劳动合同的约定存在争议，建议通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径解决纠纷，以维护自身的合法权益。

总结：劳动合同中约定扣除部分工资作为入股资金是否合法，取决于员工是否同意以及该约定是否符合法定程序。用人单位在操作时应谨慎行事，确保员工的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。