结论前置：扣员工休息时间通常是违反《中华人民共和国劳动法》的行为，但特定情况下且经过合法程序与劳动者协商一致，并依法支付加班费或确保不违反工作时间限制的，可能不构成违法。

一、法律依据与基本保障

根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是劳动法对劳动者休息权的基本保障。同时，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。因此，无故扣减员工的休息时间，显然违反了劳动法的规定。

二、合法延长工作时间的条件

尽管劳动法保障了劳动者的休息权，但在特定情况下，用人单位因生产经营需要，可以经与工会和劳动者协商后延长工作时间。不过，这种延长工作时间的行为受到严格限制：

1. 协商一致：延长工作时间必须经与工会和劳动者协商一致，不能单方面决定。
2. 时间限制：一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。
3. 加班费支付：延长工作时间应当依法支付加班费，以补偿劳动者的额外付出。

在满足上述条件的情况下，扣除部分休息时间可能不构成违法，但必须确保不损害劳动者的合法权益。

三、违法情形及后果

如果用人单位未经协商或无正当理由扣减员工的休息时间，即构成违反劳动法的行为。这种行为可能导致以下后果：

1. 劳动者投诉：劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位纠正违法行为。
2. 支付补偿：用人单位可能需要支付加班费、经济补偿甚至赔偿金，以弥补劳动者的损失。
3. 法律责任：对于严重的违法行为，用人单位还可能面临行政处罚或法律诉讼。

四、劳动者权益保护

劳动者在休息权利受到侵害时，可以采取以下措施来维护自身合法权益：

1. 投诉与仲裁：向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，要求用人单位纠正违法行为并支付相应补偿。
2. 法律救济：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者可以要求用人单位支付加班费、经济补偿，甚至在严重情况下要求支付赔偿金。

五、实际案例与建议

实际案例：某公司因业务繁忙，未经与员工协商便单方面决定扣除员工的休息日以延长工作时间。员工们对此表示不满，并向劳动监察部门投诉。最终，该公司被责令纠正违法行为，并支付了相应的加班费和经济补偿。

建议：作为劳动者，如果遇到用人单位无故扣减休息时间的情况，应当及时与用人单位沟通协商，要求恢复正常的休息时间。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自身权益。同时，劳动者在签订劳动合同时，也应当仔细阅读合同条款，确保自己的休息权利得到充分保障。

总结：扣员工休息时间通常是违法的，用人单位应尊重并保障劳动者的休息权利。在确需延长工作时间的情况下，应依法与劳动者协商并支付加班费，确保不违反劳动法的相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。