工厂倒闭时，员工的赔偿金计算基数通常是按照员工离职前12个月的平均工资来确定，这里的平均工资指的是应发工资，也就是毛工资，而非纯工资（实发工资）。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定：“经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。”

二、工资构成分析

1. 应发工资（毛工资）：

   • 应发工资是员工在正常工作时间内应得的全部工资，包括基本工资、加班费、奖金、津贴、补贴等所有收入。
   • 在计算经济补偿金时，应发工资是更合理的计算基数，因为它更全面地反映了员工在单位工作期间的收入水平。

2. 实发工资（纯工资）：

   • 实发工资是员工实际收到的工资，即应发工资扣除社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。
   • 实发工资可能因个人社保缴纳基数、公积金缴纳比例、个人所得税等因素而有所差异，不能全面反映员工的实际收入水平。

三、计算方式及示例

计算方式： 经济补偿金的计算基数 = 员工离职前12个月的应发工资总额 ÷ 12

示例： 假设员工在工厂工作了5年，离职前12个月的应发工资总额为60,000元，则经济补偿金的计算基数为5,000元/月（60,000元 ÷ 12个月）。根据《劳动合同法》的规定，该员工应获得的经济补偿金为25,000元（5,000元/月 × 5个月）。

四、特殊情况说明

1. 高收入员工：

   • 如果员工的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金的计算基数将按照职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。

2. 工资支付异常：

   • 如果员工在离职前12个月内存在工资支付异常的情况（如病假、事假等导致工资减少），则应按照正常工作情况下的应发工资进行计算。

五、建议与注意事项

1. 保留证据：

   • 员工在离职前应保留好工资条、银行流水等证据，以便在计算经济补偿金时提供有力的支持。

2. 及时咨询：

   • 如果员工对经济补偿金的计算方式或金额有疑问，应及时向专业律师或劳动仲裁机构咨询，以维护自己的合法权益。

3. 关注政策变化：

   • 劳动法律法规可能会随着时间和政策的变化而调整，员工应关注相关政策的变化，以便及时了解自己的权益和义务。

综上所述，工厂倒闭时员工的赔偿金计算基数通常是按照员工离职前12个月的应发工资（毛工资）来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。