结论：公司承认退款但提成被业务员拿走是否违法，需根据具体情况判断，可能涉及职务侵占、挪用资金或侵犯公司财产权等违法行为。以下从不同角度详细分析：
一、从业务员行为性质角度分析
职务侵占：
- 如果业务员利用职务上的便利，将本应属于公司的退款提成非法占为己有，且数额较大，那么这种行为可能构成职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
挪用资金：
- 如果业务员将退款提成暂时挪用，用于个人用途，并打算后续归还，但未在合理期限内归还，且数额较大，那么这种行为可能构成挪用资金罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
一般违法行为：
- 如果业务员拿走的退款提成数额较小，或者虽然数额较大但不符合职务侵占或挪用资金的构成要件，那么这种行为可能只是一般的违法行为，公司可以通过内部纪律处分或民事诉讼等方式来维护自身权益。
二、从公司管理角度分析
公司规章制度：
- 公司应建立完善的规章制度，明确退款提成的归属和处理流程。如果公司规章制度中明确规定了退款提成的归属和处理方式，而业务员违反了这些规定，那么公司可以依据规章制度对业务员进行处罚。
内部监督机制：
- 公司应建立有效的内部监督机制，对业务员的业务活动进行监督和检查。如果发现业务员有违规行为，公司应及时采取措施进行纠正和处理，以防止损失扩大。
三、从法律后果角度分析
刑事责任：
- 如果业务员的行为构成职务侵占或挪用资金等犯罪，那么业务员将面临刑事责任的追究，可能受到有期徒刑、拘役或罚金等处罚。
民事责任：
- 无论业务员的行为是否构成犯罪，如果其行为给公司造成了损失，公司都有权要求业务员承担民事责任，包括赔偿损失等。
四、建议与措施
收集证据：
- 公司应收集相关证据，如退款记录、提成发放记录、业务员的行为记录等，以证明业务员的行为性质和给公司造成的损失。
与业务员沟通：
- 在采取法律措施之前，公司可以尝试与业务员进行沟通，了解其行为动机和目的，并尝试通过协商解决问题。
寻求法律帮助：
- 如果公司无法与业务员达成协议或业务员拒绝承担责任，公司可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自身权益。
最后，如果公司遇到类似情况，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。