结论：这种情况需分步骤处理，首先明确体检不合格是否影响劳动合同履行，再根据不同情况采取相应措施。以下是具体分析：

1. 查看劳动合同及公司规章制度
   • 合同约定：仔细查看劳动合同中是否有关于体检不合格的相关条款。有些劳动合同可能会明确规定，若员工体检不合格，公司有权解除劳动合同或者采取其他处理方式，比如安排调岗、提供进一步治疗建议等。如果合同中有这样的约定，那么双方需要按照合同约定来执行。例如，合同约定体检不合格公司可解除合同且无需支付经济补偿，那么公司可能依据此条款操作。
   • 规章制度：同时，要了解公司的规章制度。公司可能有一套完善的关于员工体检及后续处理的内部规定。如果规章制度中规定体检不合格的员工不能从事原岗位工作，公司可能会安排调岗；若规定体检不合格直接解除合同，也需要看该规章制度是否经过了合法的民主程序制定和公示，只有合法有效的规章制度才能作为处理依据。
2. 判断体检不合格与岗位的关联性
   • 直接关联：如果体检不合格的项目与所从事的岗位有直接关联，且该岗位对员工的身体状况有明确要求，比如食品加工岗位对传染病有严格要求，而员工体检出患有相关传染病，那么公司可能会以员工不符合岗位身体条件为由解除劳动合同。不过，公司在解除合同前，需要确保体检程序合法合规，比如体检机构具有相应资质、体检项目符合岗位要求等。
   • 无直接关联：若体检不合格的项目与岗位没有直接关联，公司不能仅仅因为体检不合格就随意解除劳动合同。例如，员工只是视力稍微不达标，但所从事的岗位并不依赖视力，那么公司以此为由解除合同可能构成违法解除，员工可以要求公司继续履行合同或者支付经济赔偿。
3. 与公司协商沟通
   • 主动沟通：员工在得知体检不合格后，应主动与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通。了解公司对于体检不合格的具体处理意见和依据，同时也可以向公司说明自己的情况，比如是否可以通过治疗改善体检结果、是否愿意接受调岗等。通过积极沟通，争取双方达成一个合理的解决方案。
   • 协商结果：如果双方能够协商一致，比如公司同意员工在一定期限内进行治疗，待体检合格后再上岗，或者同意为员工调岗到适合的岗位，那么可以签订相关的协议，明确双方的权利和义务。
4. 寻求法律救济（如有必要）
   • 违法解除：如果公司以体检不合格为由违法解除劳动合同，员工可以收集相关证据，如劳动合同、体检报告、公司解除合同的通知等，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金的标准一般是按照员工在公司的工作年限，每满一年支付两个月工资。
   • 其他权益受损：如果公司还存在其他侵犯员工权益的行为，比如未按照规定支付工资、未缴纳社会保险等，员工也可以在仲裁申请中一并提出，维护自己的合法权益。

总之，遇到这种情况不要慌张，要冷静分析具体情况，通过合法合理的途径来解决问题。如果你还有其他疑问，可以直接向我咨询。