员工应立即停止运输行为，配合警方调查，并如实陈述事实经过。 以下是具体分析及建议：

1. 法律关系分析
   员工与老板之间构成劳务关系（若未签订劳动合同）或劳动关系（若签订劳动合同）。根据《民法典》第1192条（劳务关系）或《劳动合同法》第28条（劳动关系），员工执行工作任务时造成他人损害的，原则上由用人单位（老板）承担责任，但员工存在故意或重大过失的除外。

2. 员工应对步骤

   • 立即停止行为：若运输物品涉嫌违法（如赃物、危险品等），继续运输可能构成共犯或帮助犯，需第一时间终止。
     
   • 配合警方调查：如实说明运输的时间、地点、物品性质、老板指示内容等，避免隐瞒或虚构事实。
     
   • 保留证据：保存与老板的沟通记录（如微信、短信、录音）、运输单据等，证明行为系执行工作任务。
     
   • 拒绝自证其罪：若警方要求签署笔录或文件，需仔细阅读内容，有权要求律师协助（若涉及刑事风险）。

3. 责任划分可能性

   • 老板全责：若员工对运输物品违法性不知情（如老板谎称是“普通货物”），且无故意或过失，责任由老板承担。
     
   • 员工部分担责：若员工明知物品违法（如明知是赃物仍运输），可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得罪（《刑法》第312条），需承担刑事责任。
     
   • 民事赔偿：若运输行为造成他人损失，老板需先行赔偿，但可向员工追偿（若员工存在重大过失）。

4. 后续建议

   • 书面确认老板指示：若老板继续要求运输可疑物品，员工应通过邮件、短信等方式明确拒绝，并留存证据。
     
   • 咨询律师：若警方立案或老板推诿责任，员工需尽快委托律师介入，分析证据链，争取无罪或轻罪辩护。
     
   • 劳动仲裁：若老板因此解雇员工，可依据《劳动合同法》申请仲裁，主张违法解除赔偿金。

关键提醒：员工切勿因“服从老板”而参与违法活动，法律对“执行工作任务”的认定以合法性为前提。若对运输物品性质存疑，应优先核实或拒绝执行。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。