针对您提出的“老板指使员工偷东西被发现应怎么处理”这一问题，这实际上是一个涉及法律与道德层面的复杂情况，但我会从员工如何应对的角度，给出清晰、详细且有深度的解答。
一、明确立场与首要行动
首先，作为员工，在面对老板的不当指使时，必须坚决拒绝参与任何非法活动，包括偷窃。这是维护个人道德底线和法律尊严的基本要求。一旦发现老板有此类行为，应立即表明自己的立场，并明确告知老板这种行为是违法的，自己不会参与。
二、收集证据以自保
在拒绝参与的同时，为了保护自己免受可能的牵连或诬陷，员工应积极收集相关证据：
记录指使过程：如果可能，尽量以文字、录音或视频等形式记录下老板指使偷窃的具体过程，包括时间、地点、参与人员以及具体指令等。
寻找目击证人：寻找当时在场的其他同事或目击者，他们的证言可以在后续处理中提供有力支持。
保留相关通讯记录：如果老板是通过电话、短信或电子邮件等方式指使的，务必保留好这些通讯记录作为证据。
三、与老板沟通并寻求内部解决（在安全前提下）
在收集到一定证据后，如果情况允许且员工认为自身安全不会受到威胁，可以尝试与老板进行严肃而理性的沟通，明确表达自己拒绝参与非法活动的立场，并要求老板停止此类行为。如果公司内部有相应的申诉机制或监察部门，也可以向他们反映情况，请求介入调查。
四、法律途径维权
如果老板不予理睬，继续指使或实施偷窃行为，甚至可能将责任转嫁给员工，员工应果断采取法律手段维护自己的权益：
报警处理：立即向当地公安机关报案，详细陈述老板指使偷窃的情况，并提供所收集的证据。公安机关将依法进行调查处理。
寻求法律援助：咨询专业律师，了解自己的权利和可能的法律途径。律师可以提供专业的法律建议，帮助员工制定合适的维权策略。
提起诉讼：如果证据确凿且老板的行为已经构成犯罪或侵权，员工可以考虑向法院提起民事诉讼或刑事自诉，要求老板承担相应的法律责任和经济赔偿。
五、保留证据与后续行动
在整个处理过程中，员工务必注意保留所有与老板沟通的记录、收集的证据以及所有相关的文件资料。这些证据将在后续的维权过程中发挥至关重要的作用。同时，如果老板的指使行为已经对员工的名誉或职业生涯造成了损害，员工还可以要求老板在一定范围内公开澄清事实，并依法追究其赔偿责任。
综上所述，面对老板指使偷东西的不当行为，员工应坚决拒绝参与、积极收集证据、与老板沟通并寻求内部解决（在安全前提下），如果无法解决问题则果断采取法律手段维护自己的合法权益。同时，也建议公司建立健全的内部管理机制和监督机制，以避免类似事件的发生并切实保护员工的合法权益。