结论：不可以将已通过农民工工资专用账户发放的工资再发到法人卡上算作工程款，这种做法存在较大的法律风险和合规问题。以下从不同角度进行分析：

从农民工工资专用账户制度角度

1. 制度目的：设立农民工工资专用账户是为了保障农民工能够按时足额获得工资，确保工资发放的专款专用，避免工资被挪用、截留等情况。根据相关规定，建设单位应按照合同约定，将人工费用足额拨付至农民工工资专用账户，施工企业则通过该账户直接将工资支付给农民工本人。
2. 违规后果：如果将已经通过专用账户发放的工资再转到法人卡上并算作工程款，这就违背了专用账户的设立初衷和专款专用原则。一旦被发现，施工企业可能会面临行政处罚，例如责令限期改正、处以罚款等，严重的还可能被列入拖欠农民工工资“黑名单”，在政府资金支持、政府采购、招投标、融资贷款、市场准入、税收优惠、评优评先等方面受到限制。

从工程款支付和财务核算角度

1. 工程款性质：工程款是指建筑企业因承包工程项目，按合同规定和工程结算办法的规定，将已完工程或竣工工程向发包单位办理结算而取得的款项。它包含了人工费、材料费、机械费、管理费、利润等多个部分。而农民工工资只是工程款中人工费的一部分。
2. 财务核算要求：在财务核算上，工程款和农民工工资需要分别进行准确的记录和核算。将工资算作工程款会导致财务数据失真，无法真实反映工程的成本和收益情况，也不符合财务核算的规范和要求。这可能会影响企业的财务决策和税务申报，甚至可能引发税务风险。

从法律责任角度

1. 对农民工的责任：如果施工企业采取这种不当方式处理工资和工程款，可能会导致农民工工资支付记录混乱，一旦发生工资拖欠纠纷，农民工难以维护自己的合法权益。施工企业可能会因此承担相应的民事赔偿责任，需要向农民工支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
2. 对其他相关方的责任：这种行为也可能损害建设单位、材料供应商等其他相关方的利益。例如，如果施工企业将资金挪作他用，可能导致无法按时支付材料款等，引发一系列的合同纠纷和法律责任。

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