农民工工资可以通过单位账户发放，且在符合法律规定的情况下是合法且推荐的做法。以下从不同角度进行详细分析：
- 法律合规性角度
根据《保障农民工工资支付条例》第十一条规定，农民工工资应当通过银行转账或现金形式支付给农民工本人。若单位通过其银行账户直接向农民工个人账户转账，属于合法支付方式，符合“专户发放”的监管要求。但需注意：
- 单位需确保工资发放记录真实、完整（如转账备注注明“工资”），避免以生活费、借款等名义变相拖欠；
- 若单位通过第三方支付平台（如微信、支付宝）发放，需农民工本人书面授权，且资金来源仍应为单位账户，而非个人账户。
- 实践操作角度
- 推荐做法：单位开设农民工工资专用账户，由银行代发至个人账户。此方式可实现工资与工程款分离，避免因工程款纠纷拖欠工资，且符合《条例》第三十一条关于“分账管理”的要求；
- 风险规避：若单位通过其一般账户发放工资，需确保工资发放与工程进度、考勤记录等匹配，避免被认定为“以工程款名义支付工资”，导致工资支付责任转移至包工头等个人。
- 特殊情形处理
- 包工头代领问题：若单位将工资支付给包工头，再由包工头发放给农民工，此方式违法。根据《条例》第三十条，分包单位或包工头不得以任何理由扣押或变相扣押农民工工资，单位需直接支付至农民工本人；
- 跨地区支付：若农民工在异地务工，单位可通过其账户跨行转账，但需承担转账手续费，且需确保农民工提供准确的收款账户信息。
建议：
- 单位应优先通过专用账户代发工资，并留存转账记录、考勤表、工资确认单等证据；
- 农民工若发现单位未通过账户发放工资，或工资被包工头截留，可向当地劳动监察部门投诉，或通过法律途径主张权利。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节或维权方案。